از مهم‌ترین دلایلی که سبب آلودگی آب شرب در ایران می‌شود، مشکلاتی است که در مدیریت زباله در ایران وجود دارد به صورتی که شیرابه‌ زباله‌‌ها در محل‌های دفن وارد سفره‌های آب زیرزمینی و منابع آب سطحی می‌شود. بزرگ‌ترین نمود این بحران را می‌توان در شمال کشور در استان‌های گیلان، مازندران و گلستان مشاهده کرد. این ۳ استان به نسبت دیگر استان‌های کشور از منابع آبی بهتری برخوردار هستند و میزان ریزش‌های آسمانی آنها بیش از هر جای دیگری در ایران است اما می‌بینیم که در همانجا هم کمبود آب شرب وجود دارد. دلیل این کمبود آب، افت کیفی منابع آب، نبود تصفیه‌خانه‌، ورود مستقیم فاضلاب‌ به تالاب‌ها، دریاچه‌ها و رودخانه‌هاست. این مسائل ‌سبب می‌شود سدهای بیشتری در بالادست ساخته شده، درختان بیشتری قطع شوند، فرسایش خاک افزایش پیدا کند و هزینه‌های زیادی به دوش ملت و دولت بیندازد. همه این مشکلات به این دلیل است که نتوانستیم تفکیک زباله از مبدا را انجام دهیم، تصفیه‌خانه برای شیرابه بگذاریم و بازیافت را به صورتی انجام دهیم که دلیلی نداشته باشد مراکزی به‌عنوان دفن زباله ایجاد شود.

بعد از زباله، فعالیت‌های معدنی و صنعتی و در واقع ورود پساب‌های آنها به منابع آب سطحی و زیرزمینی، از دیگر عواملی است که منجر به آلودگی آب‌ها شده است. این مسئله را به وضوح در منطقه کرکس‌کوه در اصفهان، در کرمان، یزد و در غرب کشور شاهد هستیم که حتی باعث تلفات دام‌ها و ماهی‌ها می‌شود.

دیگر عامل مهم آلاینده منابع آبی در ایران مربوط به صنعت نفت است که نمود آن را می‌توان در استان‌های خوزستان، بوشهر و منطقه گچساران در استان کهگیلویه و بویراحمد دید که به شدت منابع آب شیرین کشور را دچار آلایندگی‌های شدید کرده و می‌کند.

وجود فلزات سنگین ناشی از نفوذ فاضلاب‌های صنعتی در آب، فوق‌‌العاده می‌تواند خطرناک باشد. مواد میکروبی و بیولوژیکی که در فاضلاب‌های خانگی هستند، کیفیت منابع آبی را تضعیف می‌کنند. به این ترتیب، کشاورزی نیز از همین آب استفاده کرده و افراد یا به‌طور مستقیم از طریق خوردن محصولات کشاورزی یا به‌طور غیرمستقیم از طریق خوردن دام و پرنده‌ها، دچار انواع بیماری‌ها می‌شوند.

سموم کشاورزی نیز می‌تواند باعث آلودگی آب‌های سطحی و زیرزمینی شوند. در حال حاضر، گزارش‌هایی از استان همدان منتشر شده که آب‌های زیرزمینی تحت‌تاثیر کود بیش از حد نیتراته، یعنی پساب‌های کشاورزی آلوده شده‌اند. درست است که فرآیند آلودگی آب‌های زیرزمینی کندتر از آب‌های سطحی است اما اگر آب‌های زیرزمینی آلوده شوند، فرآیند پاکسازی آنها هم به مراتب دشوارتر و هزینه‌بردارتر خواهد شد. این روندی که در همدان اتفاق افتاده می‌تواند یک اعلام خطر باشد. در قطب‌های کشاورزی و صنعتی کشور یعنی در شهرستان ساوه، استان تهران، غرب استان اصفهان و شمال یزد که قطب صنعت کشور به‌شمار می‌روند و همچنین در پایاب اراضی کشاورزی مثل شرق اصفهان بیشتر شاهد آلودگی آب‌های زیرزمینی هستیم.

تمام این آلودگی‌ها هزینه‌های گزافی را در بخش بهداشت و درمان ایجاد می‌کند. اگر این هزینه‌ها بررسی شود و ببینیم که چه هزینه‌های سنگینی به‌خاطر نوشیدن آب آلوده بر بخش درمان کشور تحمیل می‌شود، آن وقت این بهانه که پول نداریم تصفیه‌خانه بزنیم یا پول نداریم مدیریت زباله را احیا کنیم، محلی از اعراب ندارد. اگر وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه‌های مرتبط در این حوزه اقدام به شفاف‌سازی آماری کرده و اعلام کنند که سالانه از محل آب‌های آلوده چه خسارتی فقط در بخش سلامت و درمان به کشور وارد می‌شود، آن وقت شاید نمایندگان مجلس شورای اسلامی به این صرافت بیفتند که قوانین سخت‌گیرانه‌تری را اعمال کنند تا دولت موظف شود برای فاضلاب‌ها تصفیه‌خانه بزند و اجازه ندهد که فاضلاب خام وارد منابع آب شیرین کشور شود.