براساس ماده ۱۴ قانون معادن «دارنده پروانه بهره ‌ برداری، باید درصدی از بهای ماده معدنی سر معدن مندرج در پروانه را به نرخ روز، به ‌ عنوان حقوق دولتی، سالانه به وزارت صنعت معدن و تجارت پرداخت نماید. وزارت مزبور می ‌ تواند در صورت لزوم معادل بهای آن، ماده معدنی از بهره ‌ بردار اخذ کند». در بحث حقوق دولتی معادن ۲ مسئله حائزاهمیت است؛ مسئله نخست معادنی که بیش از ظرفیت مندرج در پروانه برداشت و با گزارش ‌ های غیرواقعی مسئله اضافه برداشت را پنهان کرده ‌ اند و مسئله دوم معادنی که فاقد فعالیت بوده یا تولید مطابق پروانه تحقق ‌ نیافته و مجبور به پرداخت کامل حقوق دولتی هستند. باتوجه ‌ به فعالیت نداشتن بسیاری از معادن در کشور یا تحقق نیافتن تولید سالانه مندرج در پروانه، بسیاری از بهره ‌ برداران مجبور به پرداخت حقوق دولتی معدن هستند، از طرفی، وزارت صمت جز در موارد خارج ید بهره ‌ بردار با تعطیلی موقت معدن موافقت نمی ‌ کند. از زمان روی کار آمدن دولت سیزدهم، زمزمه بازپس ‌ گیری معادن فاقد فعالیت و واگذاری از طریق مزایده به ‌ گوش رسید، اما بسیاری از معادن همچنان بدون فعالیت و مانند سابق به کار خود ادامه می ‌ دهند و سازمان ‌ های استانی نظارت کافی را بر این امر نداشته ‌ اند و معدن تنها با پرداخت حقوق دولتی و ‌ بکارگیری مسئول فنی، معادن همچنان در تملک بهره ‌ برداران قبلی قرار دارد.از دیگر نکات حائزاهمیت در بحث حقوق دولتی، مغایرت پروانه بهره ‌ برداری صادرشده با واقعیت است.

در برخی موارد، عیار، درجه ‌ بندی و میزان کوپ ‌ دهی ماده معدنی و همچنین ظرفیت تولید سالانه مندرج با پروانه با واقعیت معدن متفاوت است که این امر به ‌ دلیل گزارش ‌ های غیرواقعی در زمان اخذ پروانه به ‌ وجود آمده و اصلاح این موضوع چندین ماه یا چندین سال به ‌ طول می ‌ انجامد. به ‌ طورمثال، در برخی معادن سنگ تراورتن محلات با اتمام ذخیره (واقعی) قابل ‌ فروش و تنها بکارگیری ظرفیت تولید در سنگ لاشه و مالون فعالیت می ‌ کنند و همچنان مجبور به پرداخت حقوق دولتی و مطابق پروانه هستند، زیرا ذخیره مندرج در پروانه به اشتباه درج شده (و ذخیره قابل ‌ فروش لحاظ نشده است) یا در بحث درجه ‌ بندی سنگ ساختمانی، به ‌ دلیل نبود استاندارد، کارشناسی دقیقی از عوامل موثر در درجه ‌ بندی سنگ و همچنین میزان کوپ ‌ دهی انجام نمی ‌ پذیرد و فقط براساس نظریات تجربی و سلیقه ‌ ای این مهم انجام می ‌ شود.در چند سال گذشته، باتوجه ‌ به ابلاغ وزارت صمت حقوق دولتی براساس درصد (درصدی از بهای فروش ماده معدنی سر معدن) از طریق وزارت صمت برای مواد معدنی مختلف و همچنین نرخ پایه میانگین اعلامی که سازمان هر استان برای هر ماده معدنی کشف نمود اخذ می ‌ شود که در بسیاری از موارد نرخ پایه ابلاغ ‌ شده با واقعیت متفاوت است.در استان مرکزی سازمان صنعت، معدن و تجارت با همکاری شرکت ‌ های دانش ‌ بنیان سیستم مانیتورینگ راه ‌ اندازی کرده است که در صورت اجرای کامل این سیستم تا حد زیادی از مشکلات مربوط به نظارت حل خواهد شد.