اصلی‌ترین معضل دانش‌بنیان‌ها در بحث‌های مربوط به امور گمرکی بخشنامه‌هایی هستند که به‌صورت متعدد صادر و به موارد گذشته هم تعمیم داده می‌شوند. طبق قانون اگر برگه تخصیص ارز صادر نشده و محموله باری هم وارد گمرک ایران شده باشد، به‌منظور عدم‌سکون خط تولید، شرکت دانش‌بنیان یا تولیدکننده می‌توانست با یک برگه اظهارنامه ۹۰ درصد بار را با پرداخت هزینه ترخیص از گمرک خارج کند و ۱۰ درصد آن با کانتینر، تا زمانی که تخصیص ارز صادر شود، در گمرک بماند، اما تصمیمات لحظه‌ای وزارت صمت با بانک مرکزی، موجب سردرگمی دانش‌بنیان‌ها و اغلب شرکت‌های تولیدکننده شده است. برای نمونه چندی پیش، بخشنامه‌ای صادر شد که تاریخ ثبت سفارش نباید از تاریخ اظهارنامه بار گذشته باشد. متاسفانه این قانون را به گذشته هم تعمیم می‌دهند و هیچ همکاری برای بارهای مانده در گمرک انجام نمی‌شود. در حالی که در گذشته چنین قانونی اعمال نمی‌شده و این مسئله موجب شده است که از یک‌سو پرونده ما تعزیراتی شود و از سوی دیگر هم، باقیمانده بار در گمرک بماند. متاسفانه به‌صورت هفتگی بخشنامه تصویب می‌کنند و بخشنامه‌ها را هم به گذشته تعمیم می‌دهند.واردات و صادرات کالا در گمرک به‌تنهایی دارای چالش‌های عدیده‌ای است. از مسائل مربوط به تعیین ماهیت گرفته تا ترخیص کالا؛ برای مثال، تغییر رنگ مسیرها به‌یک‌باره خود فرآیندی زمانبر است. البته معضلات بزرگ‌تر دیگری هم در بخش واردات یا صادرات کالا وجود دارد که در کنار چالش‌های گمرکی فرآیند را به‌شدت برای دانش‌بنیان‌ها دشوار می‌کند.

به‌طورکلی معضلات گمرکی دانش‌بنیان‌ها در چند مورد خود را نشان می‌دهد. یکی آنکه ذهنیت مسئولان در بانک مرکزی حول محور ارز می‌چرخد و اشراف کافی به واقعیت‌های واردات صادرات ندارند. به‌عبارت‌روشن‌تر، برخی مسئولان در بانک مرکزی اصلا نمی‌دانند که در دنیای واقعی واردات و صادرات چه اتفاقاتی می‌افتد. بخشنامه‌هایی را هم با این میزان از آگاهی صادر می‌کنند که روز به روز شرایط را دشوارتر می‌کند. چالش بعدی، ناشی از عملکرد وزارت صمت است که به‌دلیل سوءاستفاده‌هایی که از سوی برخی واردکنندگان شده است، یک بخشنامه عمومی صادر می‌شود تا جلوی سوءاستفاده‌ها گرفته شود، اما به‌عبارتی تر و خشک با هم می‌سوزند و به همه تعمیم داده می‌شود.به‌عبارت‌روشن‌تر، در کنار چالش‌های گمرکی معضلات مربوط به بانک و تاخیر در تخصیص ارز را هم باید اضافه کرد. تاخیر در تخصیص ارز باعث می‌شود که به‌صورت درصدی بار را خارج کنیم و این هزینه زیادی را به‌دوش دانش‌بنیان‌ها و هر شرکت دیگری می‌گذارد. حتی جلوی خروج بار به‌دلیل این تاخیر در تخصیص ارز گرفته می‌شود. شرایط به‌جایی رسیده است که برای هر باری که از گمرک خارج می‌شود، تن‌مان می‌لرزد. شاید بیش از ۲۰ درصد سود سالانه هزینه‌های گمرکی کشور امارات را داده‌ایم که دلیل آن به تخصیص‌های دیرهنگام برمی گردد. محموله‌های باری وارد گمرک شده، اما چون تخصیص تاخیر داشته در گمرک مانده و به‌شکل تصاعدی هزینه ارزی گمرک را افزایش داده است و وقتی هم که به گمرک ایران می‌آید، باز هم تخصیص‌ها هماهنگ نیست و زمان خروجی بار طول می‌کشد و همین فرآیند هزینه چند میلیاردی برای دانش‌بنیان‌ها در بر دارد.مشکلات نقدینگی و بانک از یک‌سو اغلب منجر به تمدید فرآیند تخصیص می‌شود و همین روند چند ماه تاخیر در ترخیص کالا را به‌همراه دارد. واردات و تخصیص گمرک به‌نوعی تبدیل به شکنجه روح دانش‌بنیان‌ها و تولیدکنندگان می‌شود. در واقع اصلی‌ترین چالش، تخصیص ارزی است که باید پیش از ترخیص کالا انجام شود، اما این فرآیندها هماهنگی ندارند و معمولا دیرهنگام هستند و باعث می‌شوند که چندین ماه کالا در گمرک بماند. گفتنی است، هرگونه تاخیر در فرآیند حمل‌ونقل می‌تواند هزینه‌های انبارداری را به واردکننده کالا تحمیل کند. متاسفانه معاونت علمی تاکنون اقدامی برای رفع این موارد نکرده است.به‌اعتقاد من، خوب است معاونت علمی و فناوری اقتصاد دانش‌بنیان طی یک تعامل جدی با وزارت صمت و بانک مرکزی در راستای حل چالش‌های گمرکی دانش‌بنیان‌ها، اقداماتی را به‌سرانجام برساند. به‌گفته وی، بسیاری از تسهیلات و معافیت‌هایی که در بحث معافیت‌های گمرکی برای دانش‌بنیان‌ها در نظر گرفته شده، بیشتر برای دانش‌بنیان‌های نوآور کاربرد دارد و موثر است. بی‌شک این شرکت‌ها نیازمند حمایت‌های گمرکی این‌چنینی هستند، اما دانش‌بنیان‌های فعال و فناور، نیازمند حمایت‌های متنوع‌تر و موردی بیشتری هستند. آن دسته از شرکت‌های دانش‌بنیانی که فعالیت‌های بازرگانی و گمرکی زیادی دارند، خواهان همکاری و هماهنگی بین‌سازمانی بیشتری به‌ویژه میان وزارت صمت و بانک مرکزی هستند و از آنجایی که معاونت علمی، متولی اصلی اکوسیستم دانش‌بنیان‌ها است، انتظار می‌رود برای برقراری این هماهنگی، اقدامات درخور و کمک‌کننده‌ای را به‌ثمر برساند.