حضور میلیونی مهاجران افغانستان برای اقتصاد ایران یک معادله پیچیده دوگانه هزینه‌-فایده ایجاد کرده است. از یک سو نمی‌توان منافع اقتصادی حضور آنها را نادیده گرفت، به‌طوری‌که آنها به منبع درآمدی برای دولت تبدیل شدند. این مهاجران افغانی، نیروی کار ارزانی هستند که در بخش ساخت‌وساز، صنایع کوچک و کارگاهی، کشاورزی فصلی و خدمات شهری نقش قابل‌توجهی دارند. از سوی دیگر، هزینه‌های سنگینی را من‌جمله در بخش یارانه نان و کالاهای اساسی، سوخت، هزینه‌های آموزش و درمان را به اقتصاد ایران تحمیل می‌کنند و در شرایط ابرتورمی که دولت با کسری بودجه شدیدی روبه‌رو است، فشار مضاعفی را به اقتصاد ایران وارد می‌کنند.

در این میان، هزینه‌های غیرمستقیم مهاجران افغانی بر اقتصاد ایران نیز اندک نبوده، حضور میلیونی نیروی کار افغانستانی که با دستمزدهای پایین‌تر و در شرایط سخت به ایجاد رقابت ناعادلانه با نیروی کار ایرانی منجر شده است، درعین‌حال نیاز این مهاجرین به مسکن هم به افزایش اجاره‌بها دامن زده است. فشار بر زیرساخت‌های شهری و خدمات عمومی هم از دیگر موضوعاتی است که بر کیفیت این خدمات برای ساکنان ایران تاثیر گذاشته است. 

بسیاری از کودکان افغانی بی‌سرپرست و بدسرپرست هم تحت حمایت و مراقبت سازمان بهزیستی هستند که در اشکال مختلفی آموزشی، درمانی، حمایت و مراقبت می‌شوند. 

افغان‌ها به‌عنوان یک نیروی کار ارزان نرخ با بهره‌وری کمی بالاتر نسبت به نیروی ایرانی، به کاهش هزینه تولید کمک می‌کنند، اما در عوض با فشار بر منابع انرژی (سوخت، برق، گاز)، یارانه نان و مواد غذایی و تحصیل رایگان کودکان آنها و ارسال سالانه یک تا ۱.۵ میلیارد دلار به افغانستان نشان می‌دهد هزینه حضور مهاجران افغانی نسبت به فایده آنها برای اقتصاد ایران بیش از اینهاست. 

یک تحلیل اقتصادی با جمع‌زدن هزینه‌ها و سودها نتیجه گرفته هزینه حضور افغانی‌ها در ایران ۲.۵ میلیارد دلار است در حالی‌که سود آنها برای اقتصاد ایران حدود ۸۵۰ میلیون دلار است. براساس آمار وزارت نفت و برق ۱.۵ میلیارد دلار هزینه سالانه حامل‌های انرژی ۳ تا ۵ میلیون افغانی است و طبق اعلام سازمان برنامه‌وبودجه بیش از ۳۰۰ میلیون دلار یارانه نان، بیش از ۲۱۰ میلیون دلار هزینه آموزش بیش از ۵۰۰ هزار دانش‌آموز افغانی و صدها میلیون دلار خدمات سلامت درمانی بخشی از هزینه تحمیلی این مهاجران به اقتصاد ایران است که البته با نرخ دلار ۱۳۰ هزارتومانی این هزینه‌ها بالاتر از این میزان ارزیابی می‌شود.

با این اوصاف، دیدگاه‌هایی هم بر منافع حضور آنها به جهت رونق تولیدی و خدماتی تاکید دارند. حالا که هزینه خالص حضور افغان‌ها برای اقتصاد ایران منفی است، باید با در نظر گرفتن پیچیدگی‌های این معادله، به‌دنبال راه‌های ممکن و جایگزین بود. در این میان، دولت باید برنامه‌ریزی دقیق‌تری برای کنترل مرزها و جلوگیری از ورود غیرقانونی افغان‌ها به ایران داشته باشد و با دولت افغانستان برای بازگشت اتباع گفت‌وگو کند. البته حفظ حقوق و کرامت انسان‌ها مخصوصا افغان‌ها را که اغلب به خاطر جنگ و فقر از کشور خود به ایران پناه بردند، نباید نادیده گرفت و ضرورت دارد با مدیریتی هوشمند منطقی انسانی، کاهش هزینه‌های کوتاه‌مدت و حفظ منافع اقتصادی به جمعیت این مهاجران سامان داد.