صنعت گوهرسنگ در حال ‌ حاضر در حوزه ‌ های متعددی با چالش روبه ‌ رو است که عمده ‌ ترین آنها عبارتند از: ضعف و ناکارآمدی قوانین و مقررات، موازی ‌ کاری نهادهای دولتی، ابهام در تولی ‌ گری و سیاست ‌ گذاری، ضعف آموزش، حوزه سازمانی و تشکلی و هویت ‌ بخشی و در نهایت خام ‌ فروشی و قاچاق کالا.به ‌ عنوان نمونه، می ‌ توان به قرار گرفتن گوهرسنگ در گروه ۴ یا کالاهای لوکس اشاره کرد که فعالان این حوزه را در زمینه تامین ارز صادرات، واردات مواد اولیه سنگ راف، تامین تجهیزات و دستگاه ‌ های خط تولید، فناوری و تکنولوژی روز، دچار سرگردانی کرده است.نگاه غیرکارشناسی مسئولان و مقایسه این صنعت با دیگر صنایع، موجبات بلاتکلیفی فعالان این حوزه را برای معرفی منشأ ارز و مشخصات فروشنده و امثال آن را فراهم آورده است؛ آن هم در شرایط تحریم ‌ های ناعادلانه. این تصمیم در عمل، صنعت گوهرسنگ را به توقف کامل نزدیک می ‌ کند. بنابراین، ناخواسته تعدد مقررات متضاد و دست ‌ وپاگیر زمینه ‌ رشد قاچاق سنگ ‌ های قیمتی و نیمه ‌ قیمتی را فراهم آورده است.یکی دیگر از چالش ‌ ها، تغییرات ابتر در قانون و عدم ‌ شمولیت قانون جدید مالیات بر ارزش ‌ افزوده در حوزه گوهرسنگ ‌ ها است. اعمال قانون کارشناسی ‌ نشده مالیات بر ارزش ‌ افزوده طی دهه اخیر، صدمات جبران ‌ ناپذیری بر صنف و صنعت طلا و جواهر وارد و صدها بنگاه تولیدی و توزیعی را ورشکست و از چرخه کار اقتصادی خارج کرده است.باوجود تلاش مستمر کلیه فعالان اعم از بخش خصوصی و اتحادیه ‌ های صنفی و تولیدی، کارشناسان مرکز تحقیقات پژوهش ‌ های مجلس و سایر نهادهای دولتی ذی ‌ ربط و مصوبات اخیر مجلس درباره نحوه اعمال تغییرات جدید در مفاد قانون مالیات بر ارزش ‌ افزوده، متاسفانه کماکان قانون جدید شامل جواهرات و گوهرسنگ ‌ ها نمی ‌ شود. بنابراین، اعمال مالیات بر ارزش ‌ افزوده از اجرت مصنوعات طلا، که تصمیمی هوشمندانه است، بدون تسری شمولیت قانون به حوزه گوهرسنگ ‌ ها و جواهرات، کاری ناقص و مخل توسعه تولیدات صادرات ‌ محور است.به ‌ منظور برخورداری بنگاه ‌ ها از امتیاز استفاده از معافیت حقوق ورودی، اصلاح حقوق ورودی گوهرسنگ ‌ ها موضوع قسمت چهاردهم «فصل ۷۱ مقررات صادرات و واردات» و الزام به درج و ضمیمه کردن «لیست کامل ماشین ‌ آلات خطوط تولید و تجهیزات های ‌ تک» موردنیاز روند تولید و فرآوری گوهرسنگ ‌ ها در کتاب مقررات فوق، امری ضروری است.چالش قانونی دیگر این است که باوجود شناسایی گونه ‌ های متنوعی از گوهرسنگ ‌ ها در برخی استان ‌ ها، به ‌ علت نامشخص بودن میزان واقعی ذخایر معدنی، روند کند اکتشاف در استان ‌ ها و جای خالی سرمایه ‌ گذاری کافی داخلی یا خارجی در اکتشاف و فرآوری صنعتی، امکان بهره ‌ برداری مستمر از گوهرسنگ ‌ های خام موجود برای تولیدکنندگان طلا و جواهر فراهم نیست،از این ‌ رو تا رفع این نقایص، برای حفظ سطح اشتغال و جلوگیری از بیکار شدن هنرمندان صنایع ‌ دستی و توقف روند مهاجرت نیروی مجرب، ورود گوهرسنگ از کشورهای همسایه امری ضروری است. متاسفانه وضع قوانین متعدد و موانع ایجادشده برای تولید در بخش واردات سنگ ‌ خام، که ماده اولیه ضروری صنعت محسوب می ‌ شود، بنگاه ‌ های این صنعت را به مرز تعطیلی و کاهش فعالیت نزدیک و متاسفانه این نوع قوانین، ناخواسته زمینه قاچاق گوهرسنگ راف و کات را فراهم کرده است.علاوه بر این، موازی ‌ کاری نهادهای دولتی که یکی از چالش ‌ های عمده حوزه گوهرسنگ به ‌ شمار می ‌ رود، موجب رقابت دولت با بخش خصوصی در این زمینه شده است. برای مثال بانک مرکزی تاکنون بارها به دلایل گوناگون، از جمله انجام وظایف ریگولاتوری، اقدام به ضرب سکه و توزیع آن در بازار، از طریق بانک ‌ ها یا معاملات بورس کرده است. جدا از بررسی و تحلیل کارشناسانه موفقیت یا عدم ‌ موفقیت این نوع اقدامات، حداقل آثار سوء آن، فرار حجم عظیمی از نقدینگی از بخش تولید طلا و فرآوری گوهرسنگ ‌ ها و ساخت جواهرات به سایر بخش ‌ های غیرمولد و دلالی و واسطه ‌ گری است. بنابراین، هماهنگی بین برنامه ‌ ها، اهداف و اقدامات نهادهای دولتی با تشکل ‌ های صنفی ـ تولیدی ضامن جلوگیری از ایراد خسارت به اقتصاد بنگاه ‌ ها و سلب اعتماد عمومی است.

در پایان باید گفت، تعدد ادارات ذی ‌ ربط و تغییرات مکرر ساختاری و مدیریتی در ادوار مختلف، موضوع کلیدی تولی ‌ گری و ساماندهی حوزه گوهرسنگ ‌ ها را مدت ‌ های مدیدی بلاتکلیف گذاشته است، هرچند برای برون ‌ رفت از این معضل، در سند ملی گوهرسنگ ‌ های کشور، چاره ‌ اندیشی و نهادهایی از جمله «شورای ‌ عالی گوهر» و «خانه گوهر ایران» به ‌ منظور تعیین ‌ تکلیف و تولی ‌ گری امورات این حوزه پیش ‌ بینی ‌ شده،اما تا زمانی که تشکیل این نهادها عینیت نیافته است،مانند قبل، توسعه این صنعت با مشکلات عدیده و پیچیده ‌ ای مواجه خواهد بود.