دومین مشکل ازسوی موسسات قرض‌الحسنه و اعتباری غیرمجاز ایجاد شد. آنها وقتی دیدند بانک‌های مجاز نمی‌توانند سود بیشتر از آنچه شورای پول و اعتبار تعیین کرده بپردازند، شروع به پرداخت سودهای کلان تا بیش از ۳۰ درصد به سپرده‌های مردم کردند و مردم هم گول نرخ‌ها را خوردند و اقدام به سپرده‌گذاری در موسسات غیرمجاز کردند. با این روند تعداد و وسعت این موسسات روز به روز گسترش یافت و در مدت کوتاهی سپرده‌های کلانی جمع کردند و متاسفانه بانک مرکزی هم یا نتوانست یا در اثر فشارها و سفارشات اقتدارگرایان که اغلب پشت این موسسات بودند، نخواست جلوی تاسیس و گسترش فعالیت این موسسات را بگیرد و تعداد آنها هر روز بیشتر شد. سپرده‌های مردم در بانک‌های مجاز هم به‌سوی این مراکز سرازیر شد و اینجا بود که بانک‌های مجاز با این هدف که سپرده‌های‌شان را از دست ندهند با موسسات غیرمجاز شروع به رقابت کردند و دور از چشم بانک مرکزی نه‌تنها بانک‌های خصوصی بلکه بانک‌های دولتی هم در پرداخت سودهای مازاد بر مصوبات شورای پول و اعتبار حتی با یکدیگر به رقابت پرداختند. باوجود این تخلف چون قدرت رقابت‌ بانک‌های مجاز برای پرداخت سود بیشتر به سپرده‌ها محدود بود با کاهش سپرده‌ها و جذب آنها توسط موسسات غیرمجاز و قرض‌الحسنه‌ها، بانک‌ها دچار کمبود نقدینگی شدند و چون هنوز بازار بین‌بانکی به‌طور رسمی راه نیفتاده بود، برای تامین کسری نقدینگی به اضافه‌برداشت از بانک مرکزی روی آوردند؛ هرچند در سال‌های اولیه تاسیس بانک‌های خصوصی، بانک مرکزی اجازه استفاده از رویه اضافه‌برداشت را به بانک‌ها نمی‌داد و فقط بانک‌های دولتی می‌توانستند با نرخ ۳۴ درصد از اضافه‌برداشت نزد بانک مرکزی بهره‌مند شوند و به همین دلیل هم بانک‌های دولتی حاضر بودند نرخ بیش از مصوبات شورای پول و اعتبار به سپرده‌گذاران پرداخت کنند که مجبور نشوند از اضافه‌برداشت با نرخ ۳۴ درصد استفاده کنند.

با روند یادشده موسسات غیرمجاز در مدت فعالیت طولانی خود که تا اواسط دولت دوازدهم (۱۳۹۸) طول کشید لطمات زیادی به اقتصاد کشور وارد کردند و باعث و بانی افزایش نرخ مسکن، تورم، کاهش ارزش پول ملی و حتی افزایش نرخ ارزها شدند. باوجود وارد آمدن این همه صدمه به اقتصاد کشور، نه دولت و نه بانک مرکزی آن‌طور که لازم بود جلوی رشد و توسعه و فعالیت این مراکز پولی را نگرفتند، تا اینکه در دولت دوازدهم، بانک مرکزی اقدامات قانونی را برای جلوگیری از ادامه فعالیت این موسسات با جدیت پیگیری و تعدادی از آنها را در بانک‌ها ادغام و تعدادی را تبدیل به موسسات مجاز و بقیه را تعطیل کرد و مجبور شد سپرده‌های مردم را از منابع بانک‌ها (درباره ادغامی‌ها) و منابع بانک مرکزی (درباره منحل‌شده‌ها) به‌تدریج بپردازد. البته بانک‌هایی که تعهد پرداخت سپرده‌های مردم نزد موسسات ادغام شده با خود را کرده بودند نیز منابع لازم را برای پرداخت سپرده‌های مزبور از بانک مرکزی تامین کردند. با افزایش حجم پول و کاهش ارزش پول ملی فشار مضاعفی به اقتصاد کشور وارد آمد و در حقیقت زیان موسسات قرض‌الحسنه و اعتباری غیرمجاز که توسط سهامداران عمده و مدیران‌شان حیف و میل شده بود از جیب و سفره مردم پرداخت شد تا اموال و املاک آن موسسات فروخته و طلب بانک مرکزی پرداخت شود و چون آنچه به‌عنوان اموال و املاک مانده بود تکافوی بدهی‌های آنها بابت سپرده‌های مردم را نمی‌داد و بانک مرکزی هم به هیچ‌وجه نمی‌توانست مطالبات خود را از صاحبان آنها که افراد قدرتمند یا وابسته به مراکز قدرت بودند وصول کند، خسارت جبران‌ناپذیری به اقتصاد و نظام بانکداری وارد شد و بانک‌ها هم از برنامه‌های توسعه‌ای خود باز ماندند.

 علاوه بر این موسسات غیرمجاز ۹۰ درصد پول‌هایی را که به‌عنوان سپرده یا پس‌انداز و قرض‌الحسنه از مردم می‌گرفتند، صرف خرید ملک (زمین، ساختمان و ویلا) کردند و به افزایش نرخ زمین و مسکن که در سال‌های ۱۳۸۶ به بعد اتفاق افتاد دامن زدند؛ پس آنانی که بانک‌های مجاز را در زمینه مشکلات اقتصادی مقصر می‌دانند آدرس غلط می‌دهند و خودشان هم مستقیم یا غیرمستقیم با موسسات غیرمجاز ارتباط داشته‌اند.

در دولت‌های نهم و دهم و حتی قبل از آن، مسئولان دولتی و نمایندگان مجلس به این موضوع معترض بودند که چرا بانک‌‌ها در اعطای تسهیلات و تامین کسری نقدینگی بخش واقعی اقتصاد این همه سختگیری می‌کنند و وثیقه ملکی می‌گیرند و بعد از اینکه قسمتی از این تسهیلات یا تمام آنها با عدم پرداخت در سررسید توسط تسهیلات‌گیرنده مواجه شد، همه به بانک‌ها ایراد گرفتند چرا وثیقه کافی و مطمئن نگرفته‌اند؛ در حالی که بانک‌ها علاوه‌ بر وثیقه ملکی حتی چک و سفته و گاهی ضامن هم می‌گرفتند و هرچند نسهیلات اعطایی (بیش از یک میلیارد ریال در آن دوره) به بانک مرکزی گزارش می‌شد، اما به‌دلیل عدم اعتبارسنجی و افشای وضعیت مالی و اعتباری گیرنده تسهیلات و نبود نظارت بر نحوه مصرف اعتبارات اعطایی بخش عمده‌ای از تسهیلات اعطایی به‌ویژه تسهیلات کلان معوق می‌شدند و می‌شوند.