صنعت گوهرسنگ در حال ‌حاضر در حوزه‌های متعددی با چالش روبه‌رو است که عمده‌ترین آنها عبارتند از: ضعف و ناکارآمدی قوانین و مقررات، موازی‌کاری نهادهای دولتی، ابهام در تولی‌گری و سیاست‌گذاری، ضعف آموزش، حوزه سازمانی و تشکلی و هویت‌بخشی و در نهایت خام‌فروشی و قاچاق کالا.به‌عنوان نمونه، می‌توان به قرار گرفتن گوهرسنگ در گروه ۴ یا کالاهای لوکس اشاره کرد که فعالان این حوزه را در زمینه تامین ارز صادرات، واردات مواد اولیه سنگ راف، تامین تجهیزات و دستگاه‌های خط تولید، فناوری و تکنولوژی روز، دچار سرگردانی کرده است.نگاه غیرکارشناسی مسئولان و مقایسه این صنعت با دیگر صنایع، موجبات بلاتکلیفی فعالان این حوزه را برای معرفی منشأ ارز و مشخصات فروشنده و امثال آن را فراهم آورده است؛ آن هم در شرایط تحریم‌های ناعادلانه. این تصمیم در عمل، صنعت گوهرسنگ را به توقف کامل نزدیک می‌کند. بنابراین، ناخواسته تعدد مقررات متضاد و دست‌وپاگیر زمینه‌ رشد قاچاق سنگ‌های قیمتی و نیمه‌قیمتی را فراهم آورده است.یکی دیگر از چالش‌ها، تغییرات ابتر در قانون و عدم‌شمولیت قانون جدید مالیات بر ارزش‌افزوده در حوزه گوهرسنگ‌ها است. اعمال قانون کارشناسی‌نشده مالیات بر ارزش‌افزوده طی دهه اخیر، صدمات جبران‌ناپذیری بر صنف و صنعت طلا و جواهر وارد و صدها بنگاه تولیدی و توزیعی را ورشکست و از چرخه کار اقتصادی خارج کرده است.باوجود تلاش مستمر کلیه فعالان اعم از بخش خصوصی و اتحادیه‌های صنفی و تولیدی، کارشناسان مرکز تحقیقات پژوهش‌های مجلس و سایر نهادهای دولتی ذی‌ربط و مصوبات اخیر مجلس درباره نحوه اعمال تغییرات جدید در مفاد قانون مالیات بر ارزش‌افزوده، متاسفانه کماکان قانون جدید شامل جواهرات و گوهرسنگ‌ها نمی‌شود. بنابراین، اعمال مالیات بر ارزش‌افزوده از اجرت مصنوعات طلا، که تصمیمی هوشمندانه است، بدون تسری شمولیت قانون به حوزه گوهرسنگ‌ها و جواهرات، کاری ناقص و مخل توسعه تولیدات صادرات‌محور است.به‌منظور برخورداری بنگاه‌ها از امتیاز استفاده از معافیت حقوق ورودی، اصلاح حقوق ورودی گوهرسنگ‌ها موضوع قسمت چهاردهم «فصل ۷۱ مقررات صادرات و واردات» و الزام به درج و ضمیمه کردن «لیست کامل ماشین‌آلات خطوط تولید و تجهیزات های‌تک» موردنیاز روند تولید و فرآوری گوهرسنگ‌ها در کتاب مقررات فوق، امری ضروری است.چالش قانونی دیگر این است که باوجود شناسایی گونه‌های متنوعی از گوهرسنگ‌ها در برخی استان‌ها، به‌علت نامشخص بودن میزان واقعی ذخایر معدنی، روند کند اکتشاف در استان‌ها و جای خالی سرمایه‌گذاری کافی داخلی یا خارجی در اکتشاف و فرآوری صنعتی، امکان بهره‌برداری مستمر از گوهرسنگ‌های خام موجود برای تولیدکنندگان طلا و جواهر فراهم نیست،از این‌رو تا رفع این نقایص، برای حفظ سطح اشتغال و جلوگیری از بیکار شدن هنرمندان صنایع‌دستی و توقف روند مهاجرت نیروی مجرب، ورود گوهرسنگ از کشورهای همسایه امری ضروری است. متاسفانه وضع قوانین متعدد و موانع ایجادشده برای تولید در بخش واردات سنگ‌خام، که ماده اولیه ضروری صنعت محسوب می‌شود، بنگاه‌های این صنعت را به مرز تعطیلی و کاهش فعالیت نزدیک و متاسفانه این نوع قوانین، ناخواسته زمینه قاچاق گوهرسنگ راف و کات را فراهم کرده است.علاوه بر این، موازی‌کاری نهادهای دولتی که یکی از چالش‌های عمده حوزه گوهرسنگ به‌شمار می‌رود، موجب رقابت دولت با بخش خصوصی در این زمینه شده است. برای مثال بانک مرکزی تاکنون بارها به دلایل گوناگون، از جمله انجام وظایف ریگولاتوری، اقدام به ضرب سکه و توزیع آن در بازار، از طریق بانک‌ها یا معاملات بورس کرده است. جدا از بررسی و تحلیل کارشناسانه موفقیت یا عدم‌موفقیت این نوع اقدامات، حداقل آثار سوء آن، فرار حجم عظیمی از نقدینگی از بخش تولید طلا و فرآوری گوهرسنگ‌ها و ساخت جواهرات به سایر بخش‌های غیرمولد و دلالی و واسطه‌گری است. بنابراین، هماهنگی بین برنامه‌ها، اهداف و اقدامات نهادهای دولتی با تشکل‌های صنفی ـ تولیدی ضامن جلوگیری از ایراد خسارت به اقتصاد بنگاه‌ها و سلب اعتماد عمومی است.

در پایان باید گفت، تعدد ادارات ذی‌ربط و تغییرات مکرر ساختاری و مدیریتی در ادوار مختلف، موضوع کلیدی تولی‌گری و ساماندهی حوزه گوهرسنگ‌ها را مدت‌های مدیدی بلاتکلیف گذاشته است، هرچند برای برون‌رفت از این معضل، در سند ملی گوهرسنگ‌های کشور، چاره‌اندیشی و نهادهایی از جمله «شورای‌عالی گوهر» و «خانه گوهر ایران» به‌منظور تعیین‌تکلیف و تولی‌گری امورات این حوزه پیش‌بینی ‌شده،اما تا زمانی که تشکیل این نهادها عینیت نیافته است،مانند قبل، توسعه این صنعت با مشکلات عدیده و پیچیده‌ای مواجه خواهد بود.