موضوع اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه، در یکی از بندهای قانون جهش تولید دانش‌بنیان مطرح شده است. به موجب این قانون، معادل هزینه انجام‌شده برای فعالیت‌های تحقیق و توسعه، به‌عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به شرکت‌ها و مؤسسات متقاضی اعطا و معادل آن از مالیات قطعی‌شده سال انجام هزینه مذکور یا سال‌های بعد کسر می‌شود. در واقع نسبت مشخصی از هزینه‌های انجام‌شده در تحقیق و توسعه توسط شرکت‌های صنعتی از مالیات سال‌های بعد آن کم می‌شود. بی‌شک قانون اعتبار مالیاتی ابزار خوبی است، از این نظر که دیگر به شرکت‌های دانش‌بنیان هم معافیت مالیاتی کامل داده نمی‌شود و معافیت از مالیات تنها در صورتی است که محصول یا خدمت جدید ارائه دهد.در نظام جدید ارزیابی دانش‌بنیان، ابزارهای حمایت مالیاتی ارتقا یافته است. موضوع مهم در ارتقای حمایت‌های مالیاتی، ارائه برنامه‌های حمایتی متناسب با نیازهای شرکت‌های دانش‌بنیان است. بر همین اساس، حمایت‌های مالیاتی شامل معافیت فروش محصولات دانش‌بنیان (ماده ۳ قانون شرکت‌های دانش‌بنیان)، اختصاص اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه (بند ب ماده ۱۱ قانون جهش تولید دانش‌بنیان ۱۴۰۱) و اعتبار مالیاتی سرمایه‌گذاری در شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور (بند ت ماده ۱۱ قانون جهش تولید دانش‌بنیان ۱۴۰۱) می‌شود. براساس بند ب ماده ۱۱ قانون جهش تولید دانش‌بنیان مصوب ۱۴۰۱، معادل هزینه‌های انجام‌شده در طرح‌های تحقیق و توسعه به‌عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به اشخاص مشمول اعطا و معادل آن از مالیات قطعی موضوع ماده (۱۰۵) قانون مالیات‌های مستقیم مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سال‌های بعد کسر می‌شود.درآمدهای ناشی از قراردادها و فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش‌بنیان در حوزه فناوری‌های برتر یا با ارزش‌افزوده فراوان، مشمول قانون معافیت از مالیات خواهند شد. از سال ۱۳۹۵ تا ۱۴۰۱ که فهرست محصولات دانش‌بنیان حسب سطح‌بندی توسعه پیدا کرد، شرکت‌های دانش‌بنیان تولیدی و نوپا نوع یک، به میزان فروش محصولات سطح یک خود مشمول معافیت مالیاتی بودند.

نوع دسته‌بندی شرکت‌های نوپا، نوآور و فناور در فرآیند جدید ارزیابی و اعمال سیاست‌های حمایتی به یکی از دغدغه‌های فعالان این حوزه بدل شده است؛ بنابراین تلاش کردیم در نظام جدید ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان، شفافیت، عدالت‌محوری و هدفمندی در دستور کار قرار گیرد و حمایت‌ها متناسب با نوع و ویژگی‌های این شرکت‌ها باشد.باتوجه به اینکه عمده هزینه‌کرد شرکت‌های نوپا ماهیت تحقیق و توسعه‌ای دارد، برای پوشش هزینه‌کرد تحقیق و توسعه و تسهیل شروع کسب‌وکار به همه شرکت‌های نوپا به‌میزان درآمدهای حاصل از فروش همه محصولات دانش‌بنیان به مدت ۵ سال معافیت مالیاتی تخصیص می‌یابد.شرکت‌های فناور و نوآور تولیدکننده محصولات دانش‌بنیان نیز تا سقف ۱۰ میلیارد تومان از پرداخت مالیات بر عملکرد حاصل از فروش محصولات دانش‌بنیان معاف می‌شوند. همچنین هزینه‌های تحقیق و توسعه این شرکت‌ها به شرط تایید دبیرخانه، از معافیت مالیاتی برخوردار می‌شوند. شرکت‌های فناور و نوآور دارای محصولات دانش‌بنیان بدون معافیت مالیاتی (سطح فناوری متوسط رو به بالا) نیز مشمول اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه هستند. اما چالش اصلی برای شرکت‌های دانش‌بنیان، سرمایه در گردش و ایجاد بازارهای فروش است. اگر این معضل حل شود، به‌طور خودکار، معضلات بیمه و مالیات نیز حل خواهد شد.

در اصل اگر شرکتی درآمد داشته باشد، پرداخت مالیات فرآیند دشواری در مسیر توسعه آن نخواهد بود. این در حالی است که امتیازات مالیاتی با هدف توسعه اکوسیستم دانش‌بنیان در نظر گرفته شده، اما سازکار سازمان امور مالیاتی به‌گونه‌ای است که نمی‌توان چندان هم به این امتیازات دل خوش کرد.تجربه نشان داده سازمان امور مالیاتی سازکار واحدی دارد و معمولا هم بر دریافت مالیات از شرکت‌ها استوار شده است. در بیشتر موارد، هزینه‌های شرکت‌ها به‌ویژه دانش‌بنیان‌ها برای ماموران این سازمان غیرقابل‌قبول است؛ حال می‌خواهد این هزینه‌ها در حوزه تحقیق و توسعه باشد یا در حوزه بازاریابیمدل‌های محاسبات مالیات سازمان امور مالیاتی به‌روز، اما بسیار پیچیده هستند. در سال‌های اخیر شاهد تغییر و تحولات و بروزرسانی نظام‌های مالیاتی در کشور و مدل‌های آن بوده‌ایم. برای مثال، امسال نظام جدید مالیاتی تدوین شد، اما حوزه مالیاتی دانش‌بنیان‌ها همچنان با پیچیدگی‌های بسیاری همراه است. به‌عنوان‌نمونه، یک شرکت دانش‌بنیان زمانی می‌تواند از معافیت مالیاتی برخوردار باشد که تمام مراحل را طی کند و در مرحله آخر تمام رقم‌های مالیاتی آن ضربدر صفر شود تا مالیاتی به آن تعلق نگیرد.شاخص «زمان» از مولفه‌های مهم برای شرکت‌های دانش‌بنیان است. آنها بیش از هر چیز نیازمند زمان هستند تا بتوانند تولیدات بهتری را به بازار عرضه کنند. در واقع، بیشتر آنها خواهان این هستند که زمانی را که در اختیار دارند، صرف ارتقای محصول کنند و کمتر درگیر بروکراسی اداری شوند؛ بنابراین نمی‌توان ریشه این شکاف را در ضعف نظام مالیاتی جست.