فرآیندی که تا الان در بحث معافیت مالیاتی داشتیم، این بود که بنا بر قانون دانش‌بنیان سال ۱۳۸۹، همه شرکت‌هایی که دانش‌بنیان می‌شدند، معافیت مالیاتی دریافت می‌کردند. در سال ۱۳۹۵ این قانون اصلاح و قرار شد که فقط شرکت‌های دانش‌بنیان نوع یک از این معافیت استفاده کنند. در سال ۱۳۹۹ گفته شد شرکت‌های دانش‌بنیانی که بالای ۵۰ میلیارد تومان درآمد دارند، می‌توانند از اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه استفاده کنند. با هدف جهت‌دهی حمایت‌های مالیاتی به‌سمت توسعه نوآوری و اقتصاد دانش‌بنیان براساس بند (ب) ماده (۱۱) قانون جهش تولید دانش‌بنیان شرکت‌های دارای فعالیت‌های تحقیق و توسعه از اعتبار مالیاتی برخوردار می‌شوند. به این نحو که معادل هزینه‌های انجام‌شده در پروژه‌های تحقیق و توسعه به‌عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به شرکت‌های دارای پروانه بهره‌برداری یا مجوز فعالیت از مراجع ذی‌ربط اعطا می‌شود و معادل آن از مالیات بر عملکرد مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سال‌های بعد کسر می‌شود.

از طرفی، معمولا سازمان امور مالیاتی بر این بنا استوار شده است که هزینه‌های شرکت‌ها را غیرقابل‌قبول اعلام کند. اینکه دانش‌بنیان‌ها می‌خواهند این هزینه‌ها در حوزه تحقیق و توسعه باشد یا در حوزه بازاریابی؛ در کل چنین هزینه‌هایی برای کارشناسان مالیاتی تعریف نشده است، یعنی ترند سازمان امور مالیاتی این است که سال به سال رقم مالیات خود را افزایش دهد. یک‌سری دستگاه‌ها نظیر معاونت علمی خواهان دریافت معافیت‌هایی برای شرکت‌های دانش‌بنیان بگیرند، اما سازمان امور مالیاتی با این ترندها موافق نیست.در حوزه دانش‌بنیان، یک دانش‌بنیان صنعتی و یک دانش‌بنیان تولیدی داریم که برخی از آنها از پرداخت مالیات معاف هستند، اما سازمان امور مالیاتی به‌قدری سختگیری کرده که گرفتن معاونت معافیت مالیاتی برای صاحبان دانش‌بنیان بسیار سخت و پیچیده شده است، اما درباره بند ب ماده ۱۱ باید گفت که اثبات این روند که شرکت دانش‌بنیانی هزینه تحقیق و توسعه کرده، برای کارشناس امور مالیاتی بسیار دشوار است.معاونت علمی باید فرآیند مشخص‌تری را برای این منظور در نظر بگیرد و با تاسیس بخشی که زیرنظر خود فعالیت می‌کند، افرادی را هم به‌خدمت بگیرد و در اصل، فرآیند اثبات تحقیق و توسعه باید از کانال معاونت علمی انجام شود.

روش سازمان امور مالیاتی این است که معمولا مالیات دریافت کند و اصلا برای آن فرقی ندارد که پرداخت‌کننده یک شرکت دانش‌بنیان است یا یک شرکت معمولی با قدمت بالا. در واقع، اثبات اینکه دانش‌بنیان چقدر هزینه تحقیق و توسعه کرده، برای بیشتر شرکت‌ها دشوار است و برای شرکت‌هایی که در حوزه فناوری اطلاعات کار می‌کنند، هم دشوارتر؛ چراکه شرکت‌های تولیدی می‌توانند به‌لحاظ فیزیکی مثال‌ها و نمونه‌هایی بیاورند، اما این روند برای شرکت‌های خدماتی که در حوزه فناوری اطلاعات کار می‌کنند، امری بسیار دشوار است ناگفته نماند که در ایران یک فرهنگ مالیات‌گریزی هم وجود دارد؛ بر همین اساس، سازمان امور مالیاتی فرض را بر این می‌گذارد که صاحبان شرکت‌ها برای پرداخت نکردن مالیات، چنین ادعایی می‌کنند. بنابراین، مشکلات زیربنایی‌تری در حوزه مالیات وجود دارد. همچنین، اینکه در ایران تقلب هم زیاد است و به‌دلیل معاف بودن دانش‌بنیان‌ها از مالیات، بسیاری از شرکت‌هایی که فعالیت دارند هم، در تلاش برای دریافت مجوز دانش‌بنیان هستند و اصلا هدف‌شان این است که برای معاف شدن گام در عرصه دانش‌بنیانی بگذارند. در کشورهای اسکاندیناوی، برای اینکه شرکت‌ها بقای خود را حفظ کنند، شرکت خود را به‌صورت بنیاد در می‌آورند و در اساسنامه‌های خود این موضوع را قید می‌کنند که سالی ۱۰ درصد از درآمد خالص، صرف تحقیق و توسعه می‌شود و اصلا اعتقاد بر این امر وجود دارد. همین را سازمان امور مالیاتی هم می‌پذیرد. از طرفی هم، همان شرکت تعیین می‌کند که ۲۰ درصد از سود خالص آن برای مثال به شهرداری تعلق بگیرد. بنابراین، سازمان امور مالیاتی با ارائه تخفیف و ایجاد بالانس و تعادل میان این دو بخش، برای آن شرکت تخفیف مالیاتی در نظر می‌گیرد.

متاسفانه در ایران حتی اگر شرکتی سود بسیار بالایی هم داشته باشد، باز هم حاضر به دادن مالیات نیست که چنین روندی از خلأ فرهنگی در بحث پرداخت مالیات، ناشی می‌شود و سازمان مالیات هم با این دانش، کمتر بندهای نظیر بند ۱۱ را در قانون جهش دانش‌بنیان می‌پذیرد. از آنجایی که شرکت‌های دانش‌بنیان توانایی بیرون آمدن از این پیچیدگی‌های مالیاتی را ندارند و از سویی، مدیران مالی در این شرکت‌ها کمتر به کار مشغول می‌شوند و همکاری می‌کنند، بنابراین معاونت علمی، نقش حمایتی خود را ایفا می‌کند. بنابراین، بیش از هرچیز باید تغییر در فرهنگ پرداخت مالیات و اصلا ماهیت مالیات در کشور به‌وجود بیاید. در نهایت، باید این تفکر به‌وجود بیاید که حیات اقتصادی کشور در گرو بقای دانش‌بنیان‌ها است، بنابراین باید سازکار بقای دانش‌بنیان‌ها عملیاتی شود.