معمولا در دسته‌بندی سلامت آب، ابتدا میزان شوری و هدایت الکتریکی موردسنجش و ارزیابی قرار می‌گیرد. سلامت آب در کشاورزی تحت‌تاثیر یک عامل مهم است؛ اینکه مسیر گذر آب از کجاست، این عامل نقش جدی در میزان شوری آب و جذب سدیمی آن دارد. در حقیقت، باید دید، برتری یون سدیم نسبت به یون کلسیم و منیزیم چقدر است. اینکه چقدر اراضی کشاورزی تحت‌تاثیر شوری قرار می‌گیرند، یکی از مهم‌ترین مولفه‌ها در کشاورزی است، به‌همین‌دلیل میزان املاح نمکی موجود در آب کشاورزی به‌دقت اندازه‌گیری می‌شود. در کل، مولفه‌هایی نظیر وجود عناصر فلزی و برخی املاح نظیر کلسیم، پتاسیم و سایر کاتیون‌ها و آنیون‌ها در کیفیت آب اهمیت زیادی دارد. در پهنه ایران مرکزی، عمدتا اراضی از نوع مارنی است (گونه‌ای خاک کلسیم کربنات است که چندین نوع مواد معدنی در خود دارد) این نوع سازند زمین‌شناسی دارای حجم زیادی از املاح مانند نمک و گچ است و آب‌های جاری در این بسترها، معمولا شور می‌شوند و در نهایت، به زمین‌های کشاورزی می‌رسند. گفتنی است، بسیاری از زمین‌های نواحی مرکزی ایران به‌دلیل آبیاری شدن با این نوع آب‌ها، شور شده‌اند.بخش دیگری از آلودگی‌های آبی در بخش کشاورزی مربوط به آلودگی‌های عنصری است که ناشی از دفن زباله و خروج پساب‌های کارخانه‌ها به مجرای اصلی جریان آب است که معمولا در محیط‌های رودخانه رهاسازی می‌شوند و کشاورزان از این آب‌ها برای آبیاری استفاده می‌کنند. همچنین، فعالیت‌های صنعتی هم، دیگر عامل آلودگی آب در نواحی بخش‌های مختلف کشور به‌شمار می‌آیند که منجر به ورود فلزات سنگین نظیر سرب و جیوه به منابع آبی می‌شوند. متاسفانه این نوع از آلاینده‌ها در اندام‌های گیاهی ذخیره می‌شوند و ممکن است به خوراک دام و حتی انسان‌ها برسد. پساب‌های دیگری نیز وجود دارند که ناشی از دیگر فعالیت‌های صنعتی است. برای مثال، پساب کارخانجات نیشکر املاح شوری بالایی دارد و ممکن است باعث شور شدن اراضی شود و حتی ممکن است املاح فلزی را به‌همراه داشته باشد.

از دیگر منابع آلوده‌کننده، فعالیت‌های معدنی است. در واقع، وقتی مسیر آب به گنبدهای معدنی می‌افتد و از آن عبور می‌کند، زهاب‌های خروجی، آلوده به آلاینده‌های معدنی می‌شوند که در نهایت به زمین‌های کشاورزی می‌رسند. در نتیجه، به‌صورت‌کلی می‌توان گفت آلودگی آب در کشاورزی ناشی از ۲ عامل طبیعی و انسانی است که عوامل‌طبیعی مربوط به سازندهای زمین‌شناسی و انسانی و عوامل انسانی ناشی از فعالیت‌های صنعتی و معدنی است. همچنین، آفتکش‌ها و علف‌کش‌ها هم به‌عنوان مراکز غیرنقطه‌ای، منجر به آلودگی آب و توسط رواناب‌ها وارد چرخه آب می‌شوند.بی‌شک می‌توان با سازه‌های آبخیزداری آن دسته از آلودگی‌هایی را که به‌صورت نقطه‌ای منجر به آلوده شدن آب می‌شود، کنترل کرد. برای مثال، می‌توانیم با سازه‌های آبخیزداری جهت جریان آب را از گنبدهای نمکی یا گنبدهای معدنی منحرف کرد. همچنین، می‌توان با سازه‌های تاخیری آبخیزداری، میزان ورود رواناب را به محیط‌های آلوده کاهش داد. به‌اعتقادمن، می‌توان از توان دانش‌بنیان در دسترسی به آب سالم در کشاورزی بهره گرفت. نظیر کشت و تکثیر ارگانیسم‌ها و انتقال آن به خاک‌های دارای آلاینده. در حقیقت، یکی از روش‌های تامین آب سالم استفاده از برخی میکروارگانیسم‌های خاص است که در محیط‌های آزمایشگاهی تولید و به خاک اضافه می‌شود. همچنین، با توان دانش‌بنیان‌ها می‌توان به تولید فیلترهای کربنی میکروکربنی و نانویی پرداخت که پساب‌های کارخانجات را تبدیل به آب سالم برای کشاورزی می‌کند. همچنین، می‌توان با کانی‌های طبیعی نظیر زئولیت به حذف آلاینده‌های مضر در آب پرداخت.باتوجه به نوع محصولات تولیدشده در کارخانجات، مواد آلی و غیرآلی و شیمیایی متعددی از طریق پساب‌های صنعتی به منابع آب زیرزمینی وارد می‌شوند. از خطرناک‌ترین آنها می‌توان به فاضلاب داروسازی‌ها، مواد رادیواکتیوی و مواد نفتی حاصل از فعالیت پالایشگاه‌ها یا ترکیدگی لوله‌های انتقال مواد نفتی و بنزین اشاره کرد.

همچنین مواد شیمیایی مختلف هم از خطرناک‌ترین آلاینده‌های آب‌های زیرزمینی است که با ورود به طبیعت و انجام واکنش‌های متعدد با سایر مواد در نهایت تاثیر نامطلوبی را به‌همراه خواهند داشت. در جوامع صنعتی و پیشرفته، بیشترین مقدار آلاینده‌ها در گروه آلاینده‌های شیمیایی قرار دارد که دلیل اصلی آن، وجود تعداد زیاد کارخانجات صنعتی است. راهکارهای متعددی برای پیشگیری و کاهش آلودگی آب ارائه شده است و هریک تاحدودی توانسته‌اند موفق عمل کنند. در حالت کلی، بهترین راهکار این است که قبل از ورود مواد آلاینده به منابع آبی، نسبت به تصفیه آن و حذف مواد زائد جلوگیری شود. همچنین، بهره‌برداری مجدد از پساب‌های صنعتی در کشاورزی می‌تواند تاحدودی کمبود آب را جبران کند. از طرف دیگر، آثار منفی استفاده از این آب‌ها نیز باید برای جلوگیری از آلودگی محیط‌زیست در نظر گرفته شود.