براساس ماده ۱۴ قانون معادن «دارنده پروانه بهره‌برداری، باید درصدی از بهای ماده معدنی سر معدن مندرج در پروانه را به نرخ روز، به‌عنوان حقوق دولتی، سالانه به وزارت صنعت معدن و تجارت پرداخت نماید. وزارت مزبور می‌تواند در صورت لزوم معادل بهای آن، ماده معدنی از بهره‌بردار اخذ کند». در بحث حقوق دولتی معادن ۲ مسئله حائزاهمیت است؛ مسئله نخست معادنی که بیش از ظرفیت مندرج در پروانه برداشت و با گزارش‌های غیرواقعی مسئله اضافه برداشت را پنهان کرده‌اند و مسئله دوم معادنی که فاقد فعالیت بوده یا تولید مطابق پروانه تحقق ‌نیافته و مجبور به پرداخت کامل حقوق دولتی هستند. باتوجه ‌به فعالیت نداشتن بسیاری از معادن در کشور یا  تحقق نیافتن تولید سالانه مندرج در پروانه، بسیاری از بهره‌برداران مجبور به پرداخت حقوق دولتی معدن هستند، از طرفی، وزارت صمت جز در موارد خارج ید بهره‌بردار با تعطیلی موقت معدن موافقت نمی‌کند. از زمان روی کار آمدن دولت سیزدهم، زمزمه بازپس‌گیری معادن فاقد فعالیت و واگذاری از طریق مزایده به‌گوش رسید، اما بسیاری از معادن همچنان بدون فعالیت و مانند سابق به کار خود ادامه می‌دهند و سازمان‌های استانی نظارت کافی را بر این امر نداشته‌اند و معدن تنها با پرداخت حقوق دولتی و ‌بکارگیری مسئول فنی، معادن همچنان در تملک بهره‌برداران قبلی قرار دارد.از دیگر نکات حائزاهمیت در بحث حقوق دولتی، مغایرت پروانه بهره‌برداری صادرشده با واقعیت است.

 در برخی موارد، عیار، درجه‌بندی و میزان کوپ‌دهی ماده معدنی و همچنین ظرفیت تولید سالانه مندرج با پروانه با واقعیت معدن متفاوت است که این امر به‌دلیل گزارش‌های غیرواقعی در زمان اخذ پروانه به‌وجود آمده و اصلاح این موضوع چندین ماه یا چندین سال به‌طول می‌انجامد. به‌طورمثال، در برخی معادن سنگ تراورتن محلات با اتمام ذخیره (واقعی) قابل‌فروش و تنها بکارگیری ظرفیت تولید در سنگ لاشه و مالون فعالیت می‌کنند و همچنان مجبور به پرداخت حقوق دولتی و مطابق پروانه هستند، زیرا ذخیره مندرج در پروانه به اشتباه درج شده (و ذخیره قابل‌فروش لحاظ نشده است) یا در بحث درجه‌بندی سنگ ساختمانی، به‌دلیل نبود استاندارد، کارشناسی دقیقی از عوامل موثر در درجه‌بندی سنگ و همچنین میزان کوپ‌دهی انجام نمی‌پذیرد و فقط براساس نظریات تجربی و سلیقه‌ای این مهم انجام می‌شود.در چند سال گذشته، باتوجه ‌به ابلاغ وزارت صمت حقوق دولتی براساس درصد (درصدی از بهای فروش ماده معدنی سر معدن) از طریق وزارت صمت برای مواد معدنی مختلف و همچنین نرخ پایه میانگین اعلامی که سازمان هر استان برای هر ماده معدنی کشف نمود اخذ می‌شود که در بسیاری از موارد نرخ پایه ابلاغ‌شده با واقعیت متفاوت است.در استان مرکزی سازمان صنعت، معدن و تجارت با همکاری شرکت‌های دانش‌بنیان سیستم مانیتورینگ راه‌اندازی کرده است که در صورت اجرای کامل این سیستم تا حد زیادی از مشکلات مربوط به نظارت حل خواهد شد.