اعمال تحریم‌ها نخستین چالش در صادرات دستاوردها و تولیدات اکوسیستم دانش‌بنیان است. از آنجایی که بسیاری از فعالان دانش‌بنیان برای ساخت محصولات‌شان نیازمند قطعات اولیه هستند و با وارد کردن آن، قطعات فرآیند ساخت با هزینه کمتری سپری می‌شود، اما به‌دلیل تحریم مجبور به ساخت آن قطعات می‌شوند که همین امر هزینه زیادی را می‌طلبد. در نتیجه، نرخ تمام‌شده اختراعات محصولات دانش‌بنیان ایرانی نسبت به محصولات مشابه خارجی که ممکن است کارآیی کمتری داشته باشند، بیشتر است و همین امر شرایط را برای صادرات دشوار می‌کند. در حالی که همین قطعه‌ها در سراسر دنیا با هزینه‌های کمتری تولید می‌شوند و وجود دارند و اگر تحریم‌ها نبود، می‌توانستند این قطعات را با هزینه کمتری وارد کنند و فرآیند ساخت و تولید محصول سریع‌تر و با صرف هزینه کمتری انجام بگیرد تا نرخ تمام‌شده آنها پایین بیاید و بتوانند تولیدات‌شان را صادر کنند. بنابراین، باید نرخ تمام‌شده محصولات صادراتی را از طریق جایگزینی قطعات ارزان‌تر و بهره‌وری و اتصال و جذب منابع انسانی ارزان‌تر کاهش داد.

اغلب فناوران زمان و هزینه زیادی را برای معرفی محصول صرف می‌کنند، چراکه دانش کافی از مارکتینگ ندارند، به‌همین‌دلیل نیازمند یک مشاور بین‌المللی مارکتینگ هستند تا بتوانند مسیر راحت‌تری را در صادرات طی کنند. این مشاور می‌تواند کمک زیادی به سیاست‌گذاری‌ها برای صادرات بهتر کند. چالش بعدی، مربوط به سرقت اطلاعات است. از آنجایی که عضو اتحادیه‌ها برای حفظ مالکیت فکری و معنوی نیستیم، نمی‌توانیم به‌خوبی محصولات فناورانه را در مجامع بین‌المللی معرفی کنیم. در این زمینه، مشاوران حقوق بین‌الملل در مالکیت فکری می‌توانند کمک شایانی به رهبران استارت‌آپی کنند. ۲ مشاور یعنی متخصص مارکتینگ و متخصصان حقوقی باید موردتایید نهادهای حامی اکوسیستم دانش‌بنیان باشند تا فعالان استارت‌آپی دانش‌بنیان‌ها بتوانند با دسترسی به آنها تبادلات بین‌المللی مطمئن‌تری را به‌ثمر برسانند.

همچنین، مکان‌های فیزیکی نقش مهم دیگری در صادرات محصولات دانش‌بنیان دارند که می‌توانند زمینه‌های دسترسی به مشاوران صادرات را برای فعالان اکوسیستم فراهم کنند و می‌توانند مکان‌های مناسبی برای مذاکرات بین‌المللی باشند، چراکه بسیاری از رهبران استارت‌آپ‌ها و شرکت‌های دانش‌بنیان، مکان مناسبی برای رایزنی‌های بین‌المللی ندارند. همچنین، صادر کردن گواهینامه‌های معتبرتر بین‌المللی، راهگشای بسیاری از دانش‌بنیان‌ها برای ورود به دنیای صادرات است. در واقع، گواهینامه‌هایی مدنظر است که فضای بین‌الملل هم نسبت به آنها اعتبار قائل شود. این گواهینامه‌ها باید از سوی معاونت علمی و فناوری اقتصاد دانش‌بنیان ریاست‌جمهوری و بنیاد ملی نخبگان صادر و در مرحله تجاری‌سازی محصولات به فعالان اعطا شود.ثبت استاندارد هم، از دیگر چالش‌های شرکت‌های دانش‌بنیان در مسیر صادرات است. بسیاری از شرکت‌های دانش‌بنیان باوجود چالش‌های استاندارد و مسائل حقوقی آن، نتوانستند خود را به خط صادرات برسانند و حرفی در جوامع بین‌المللی بزنند. بعد از عبور از تمام این چالش‌ها، قیمت‌گذاری و ارزش‌گذاری محصولات و خدمات دیگر، چالش عمده صادرات دنیای فناوری است. تبادلات مالی و بانکی، دیگر چالش اصلی صادرات دانش‌بنیان‌ها است که باید شگردهایی را در فضای بین‌الملل داشته باشیم که آنها بتوانند تحریم‌ها را دور بزنند. در صورت حل چالش‌های گفته‌شده، می‌توانیم مذاکرات تجاری رو به سود و موفق را تجربه کنیم.

بی‌شک تصمیمات حاکمیتی هم، نقش مهمی در روند صادرات دارند. به‌گفته فعالان اکوسیستم دانش‌بنیان، حاکمیت و دولت نباید در هر زمینه‌ای ورود کند، در حقیقت باید بداند که در کجا ورود کند و در کجا حضور نامحسوسی داشته باشد. در برخی موارد، فناوران خواهان تعاملات B TO B هستند و در اینجا حاکمیت باید خود را به لایه‌های پنهان‌تر ببرد. برخی موارد هم ممکن است، نقش دولت و حاکمیت موثرتر باشد و لزوم تبادلات B TO G باید فراهم شود. در واقع، حاکمیت باید بتواند بازیگری خود را تشخیص دهد؛ اینکه آیا باید در لایه‌های پنهان بازی کند یا در لایه‌های آشکار تاثیر بگذارد. همچنین، توسعه صادرات دانش‌بنیان نیازمند قوانین مدرن‌تری است که باید در مجلس شورای اسلامی به‌تصویب برسند. به‌گفته کارشناسان، لزوم تخصیص تسهیلات گمرکی؛ هم برای واردات مواد اولیه و هم برای صادرات محصول نهایی احساس می‌شود.