آیت‌الله حاج سیدمجتبی خامنه‌ای دروس مقدماتی حوزوی را در مدرسه مبارکه آیت‌الله مجتهدی تهرانی گذراند و در دوران دفاع مقدس در جمع رزمندگان اسلام در جبهه‌های جهاد حاضر شد. بعد از پایان جنگ تحمیلی، در سال 6٨ برای تکمیل دروس حوزوی به قم مشرّف شد و تا اوایل سال ٧١ در قم مستقر بود. سال ٧١ به مدت 5 سال به تهران مراجعت فرمود و تحصیلات حوزوی را در آنجا پی گرفت. سال ٧6 با بانوی شهیده زهرا حداد عادل ازدواج کرد و همان سال جهت تکمیل تحصیلات حوزوی و کسب فیوضات معنوی برای بار دوم به قم هجرت فرمود.

دروس سطوح عالی را از محضر حضرات آیات احمدی میانه‌جی، رضا استادی، اوسطی و برخی دیگر از اساتید مبرّز قم بهره برد. دروس خارج فقه و اصول را از محضر والد شهیدشان آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای و علاوه بر ایشان از محضر حضرات آیات عظام شیخ جواد تبریزی، شیخ حسین وحید خراسانی، سیدموسی شبیری زنجانی، آقا مجتبی تهرانی، شیخ محمد مؤمن قمی استفاده کرد. ایشان بیش از ١٧ سال به طور مستمر در دروس خارج مختلف حضور فعّال داشته‌اند. ارائه تقریرات علمی به عربی و پیگری نکات علمی در قالب اشکال و نقد در ارتباط خارج از درس با اساتید، توجه ویژه برخی بزرگان به ایشان را در پی داشت.

نبوغ و استعداد به همراه تلاش و پشتکار توأم با دقت و حریّت علمی، منجر به تولید نوآوری‌های فراوان و متقن، در منظومه علوم و معارف حوزوی(خصوصاً فقه، اصول و رجال) گردیده است. برخورداری از مبانی فکری منظم و منسجم در مجموعه علوم مدوّن اسلامی و التزام به مبانی خود در تولیدات علمی در مسائل گوناگون، از امتیازات ایشان است. این امر و ابتکار در مبانی اساسی علمی (مانند حقیقت و ماهیت حکم شرعی، مراتب حکم، ملاکات احکام، تعدد حکم، رجوع قیود، نحوه انتقال معارف حدیثی، سیر تطوّر کتب و...) باعث ایجاد یک مکتب علمی جامع گردیده است. این مبانی علمی با توجه به تسلط ایشان بر مکاتب فقهی-اصولی فحول این علم (شیخ اعظم انصاری، آخوند خراسانی، محقق نائینی، آقاضیاء عراقی، مرحوم اصفهانی، مرحوم بروجردی و امام خمینی) سبب استحکام و غنای مضاعف شده است. اهتمام ایشان بر آثار اصحاب ائمه(علیهم‌السلام) و آراء قدمای امامیه و خصوصاً توجه به مسئله «ارتکاز عصر معصوم علیه السلام» و نقش بنیادین آن در فرایند استنباط، حائز اهمیت است.

در کنار تحصیل، به طور مستمر به امر تدریس نیز اشتغال داشت؛ در مدرسه آیت‌الله مجتهدی تهران تدریس برخی دروس مقدماتی حوزه را آغاز و از سال ٧4 به تدریس معالم مشغول شد. بعد از توصیه آیت‌الله العظمی خامنه‌ای پیرامون ضرورت تحول در حوزه و اهمیت کتب شهید صدر، تدریس معالم را متوقف و تدریس حلقات شهید صدر را شروع کرد. هنگام تشرف به قم در سال ٧6، ادامه درس حلقات را به یکی از هم‌بحثی‌هایش واگذار کرد. سال ٧٧ تدریس خصوصی رسائل و مکاسب را در بیت شریف امام خمینی(قدس سره) در قم شروع کرد. مدتی بعد، درس خارج صلاۀ (تسبیحات اربعه، سجود و رکوع) را به طور خصوصی با حضور برخی شاگردان سابق درس معالم و حلقات آغاز کردند.

در سال‌ ٨٣ به تدریس حلقات و در سال‌های ٨4 و ٨5 به تدریس سطوح عالی(مکاسب) در یکی از مدارس قم پرداخت.

درس ایشان در سال ٨6 به مدرسه مبارکه فیضیه منتقل شد و در سال ٨٧ درس خارج خصوصی ایشان(صلاۀ) در دفتر آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در قم شکل گرفت. از ابتدای سال تحصیلی ٨٨ به درخواست شاگردان سابق، درس خارج فقه عمومی ایشان در محل دفتر قم آغاز شد. بعد از یک سال، درس خارج عمومی اصول ایشان در سال ٨٩ رسماً آغاز شد و از ابتدای اصول تا ابتدای استصحاب استمرار یافت.

ایشان قبل از تدریس، سیر بحث و دیدگاه‌های علمی‌شان را مرقوم و مدون می‌کرد و بعد از تدریس نیز مباحث فقهی_اصولی‌شان به قلم خود ایشان تنظیم می‌شود و برخی از مجلدات آن آماده نشر است

تقریرات علمی دروس ایشان نیز از مدت‌ها قبل توسط برخی شاگردان آماده انتشار بود اما به جهت استنکاف ایشان، تاکنون انتشار عمومی نیافته و صرفا بعد از درخواست مکرر، در دسترس برخی خواص و علمای حوزه قرار گرفته است.

ایشان به سبک و سیاق علمای سلف، بین درس فقه و اصول دقایقی را به گعده صمیمانه با شاگردان اهتمام داشت و از ابتکارات ایشان آنکه در ابتدای درس فقه، دقایقی را به تفسیر قرآن کریم اختصاص می‌دادند که حاوی نکاتی ناب و بدیع بود. از دیگر نکات مهم درس ایشان، اهتمام به شاگردپروری و توجه ویژه به اشکالات شاگردان بود که در موارد متعدد، به بعد از درس نیز کشیده می‌شد و گاه برخی شاگردان در قالب گفتگوهای طولانی حضوری و غیر حضوری، سؤالات و نکات خود را منتقل می‌کردند و با صبر و حوصله و علاقه، پاسخ می‌گرفتند.

از جمله نکات ویژه درس استاد، برنامه‌ریزی برای ارائه علمی برخی فروعات توسط شاگردان بود که در ایجاد زمینه‌های لازم برای قدرت نقّادی و تمرین استنباط، بسیار مؤثر بود.

نوآوری در محتوا و سبک تدریس(تسلط بر آراء گذشتگان، نقادی در مبانی علمی و نظام‌واره مسائل، بیان منظم و منطقی، آزاداندیشی فکری و حرّیت علمی، رعایت اخلاق و تواضع مثال‌زدنی و...) موجب آن شد که درس خارج ایشان در قم به مرور به یکی از پررونق‌ترین دروس خارج حوزه قم تبدیل شود و تا قبل از دوران کرونا و تعطیلی دروس حضوری، بالغ بر 4٠٠ نفر در درس خارج ایشان شرکت داشتند. در دوران کرونا درس استاد به صورت مجازی برگزار شد و پس از آن نیز به دلیل سکونت ایشان در تهران و محدودیت رفت و آمد به قم، به همین منوال ادامه یافت. در ابتدای سال تحصیلی ١4٠٢ بالغ بر ١٣٠٠ نفر در درس ایشان ثبت‌نام کردند، در این شرایط و در حالی که در نخستین جلسه سال تحصیلی بالغ بر ٧٠٠ نفر در درس شرکت داشتند، ایشان به یکباره خبر تعطیلی درس‌شان را اعلان کرد و از جمع شاگردان حلالیت طلبید. این خبر برای همه شاگردان و سایرین موجب شگفتی بود و با تحلیل‌های عادی سازگاری نداشت. بعد از این ماجرا ١٠٠٠ نفر از طلاب و اساتید قم، در نامه‌ای به محضر رهبر معظم انقلاب درخواست ازسرگیری درس ایشان را مطرح کردند و برخی اعاظم قم هم به طور شفاهی همین معنا را خواستار شدند، اما ایشان در دیدار خصوصی با جمعی از شاگردان قدیمی، علت تعطیلی درس را امری معنوی برشمرد که قابل ذکر نیست و در ضمن آن بر این نکته تأکید کرد که در شرایط پساکرونا که درس‌های بسیاری از اساتید خوب حوزه کم‌رونق یا تعطیل شده است، اینکه درس ایشان با این تعداد پرشمار برگزار شود، وجهی ندارد و از جمع حاضر خواستند که مطالبات عمومی و خصوصی برای آغاز درس را متوقف کنند. جالب آنکه به فرموده ایشان، بعد از آن نامه مکتوب هزار نفره و برخی پیغام‌های شفاهی، والد شهیدشان مسئله را با ایشان مطرح کرده و فرمودند که اگر لازم است، ایشان توصیه بفرمایند. اما بعد از اطلاع از تصمیم قاطع فرزند برومندشان، مسئله را به شخص ایشان واگذار کرده بودند. آیت‌الله حاج سید مجتبی خامنه‌ای به همان شاگردان فرمود طلاب و فضلای حاضر در درس را به اساتید دیگر رهنمون کنید و ملاک‌هایی چون «علمیّت»، «انقلابی بودن» و «سلامت نفس» را از جمله شرایط استاد طراز معرفی کردند. با اصرار دوستان و اطلاع از توصیه رهبر شهید انقلاب به ایشان مبنی بر اقدام به «حاشیه‌نگاری بر عروه»، بعد از استنکاف اولیه، تصمیم‌گیری در این کار را به آینده موکول کردند که بعد از مدتی کار علمی خود را بر این مسئله و بازنویسی دروس فقهی و اصولی خود متمرکز کردند، که تاکنون نیز ادامه دارد.

دغدغه تقویت جنبه فقاهت حوزه علمیه قم موجب شد، ضمن پشتیبانی از مؤسسات و مراکز فقهی انقلابی (با سلایق و مشرب‌های علمی مختلف)، مستقلاً به تأسیس برخی مراکز علمی و مدارس فقهی اقدام نمایند. توجه توأمان به مسائل علمی و دغدغه‌های اجتماعی و خصوصاً خدمت به محرومان، موجب شکل‌گیری برنامه‌ای جامع در این مدارس شد که در نتیجه آن، امروز طیفی از عناصر مؤمن انقلابی دلسوز و مردم‌مدار تربیت شده‌اند. احتیاط فوق‌العاده ایشان مبنی بر عدم محوریت شخص خودشان و تأکید بر تقویت حوزه مقدسه و جریان انقلابی حوزوی و محوریت داشتن خط فکری و شخصیت بی‌بدیل امام خمینی و شهید آیت‌الله العظمی امام خامنه‌ای، پرهیز از شکل‌گیری برخی رقابت‌های رایج و...، موجب تحسین بسیاری از بزرگان و گرایش حداکثری طیف گسترده‌ای از اساتید و فضلا به این مجموعه‌ها شده است.

در کنار تحصیل و تدریس و سایر اشتغالات حوزوی، ارتباط وثیق با برخی مراجع و بزرگان و اساتید حوزوی در قم و مشهد، نیز بایسته اهمیت است. پیگری بسیاری از مسائل و دغدغه‌های رهبر شهیدمان در تمشیت برخی امور مهم کشور، از جمله برکات این سنخ از روابط وثیق و گسترده ایشان بود که به عنوان نزدیک ترین یار در کنار والد و امام خویش سال ها امور را پیگیری و دنبال می کردند از جمله جنبه‌های مهم شخصیت آیت‌الله سیدمجتبی خامنه‌ای، ارتباط با بزرگان اخلاق و عرفان از جمله حضرات آیات بهاءالدینی، بهجت، کشمیری، شیخ جعفر مجتهدی و طیف گسترده‌ای از مردان معنوی بود. نکته‌ها و ناگفته‌های فراوانی از سلوک معنوی و تهذیبی ایشان و تأییدات معنوی بزرگان وجود دارد که در‌ نزد اهل معنا و اطلاع محفوظ است.

اشراف ایشان به امور اجرایی کلان کشور و ارتباط نزدیک با بسیاری از کارگزاران ارشد نظام در دوره‌های مختلف و برگزاری جلسات کاری متعدد، تجربه گرانسنگی را فراهم آورده که می‌تواند در آینده منشأ آثار و برکات فراوان باشد. مطالعات گسترده در رشته‌های مختلف دانشی، جلسات مستمر با نخبگان و دستیابی به راهکارهای بنیادین در زمینه‌های مختلف از مسائل خرد و کلان عرصه حکمرانی کشور (از جمله راهکارهای ثبات اقتصادی و ثبات در قیمت کالاهای اساسی، ساختمان‌سازی ارزان، سریع، مدرن و انبوه، تحول نظام کشاورزی و دامداری در ایران، هوش مصنوعی و حمایت از برخی پروژه‌های کلان دانش‌بنیان و....) سرمایه‌ای گرانسنگ برای ایران اسلامی ایجاد کرده است.

ارتباط مستمر با فرماندهان نظامی و رهبران جبهه مقاومت به ویژه سیدالشهدای مقاومت سیدحسن نصرالله و سردار شهید حاج قاسم سلیمانی، جنبه مهم دیگری از شخصیت آیت‌الله سیدمجتبی خامنه‌ای است.

مجموعه این مسائل موجب دشمنی و کینه‌ دیرینه آمریکا و رژیم صهیونی با این شخصیت ارجمند بوده و تلاش مستمر برای ترور شخصیتی و حذف فیزیکی ایشان را در پی داشته است که با عنایت امام زمان(عج) تمام این اقدامات خصمانه تا کنون ناکام مانده و خداوند متعال این شخصیت ارزنده را به عنوان ذخیره‌ای برای روز مبادا در کوران جنگ وجودی جبهه حق با جبهه کفر و استکبار جهانی حفظ کرده است