اصلاحات ساختار بودجه به این معناست که درآمدها و هزینه‌های ذکرشده در بودجه واقعی‌تر شوند. درآمدها در بودجه از چندین منبع ایجاد و هزینه‌ها نیز در چندین منبع صرف می‌شوند. درآمد که مالیاتی و غیرمالیاتی است باید با توجه به اقتصاد کشور، نسبت معقولی داشته باشد. در حال‌حاضر ساختار درآمدهای مالیاتی کشور ضعیف و کم است؛ بنابراین یکی از موارد اصلاح ساختار بودجه، افزایش سهم مالیات‌ها و عوارض بر درآمدهای دولت است. از سویی کاهش سهم هزینه‌ها مانند یارانه‌ها در بودجه می‌تواند یکی از موارد اصلاحی در ساختار بودجه باشد. این مسائلی است که علاوه بر اینکه قابل ارزیابی است، می‌توان در جهت اصلاح ساختار بودجه برای آنها برنامه‌ریزی و اقدامات مشخصی تعریف کرد. 

اصلاحات در بودجه باید با اقداماتی مشخص و قابل ارزیابی انجام شود. درباره اصلاح نظام مالیاتی می‌توان پایه مالیاتی جدید تعریف کرد، در معافیت‌های مالیاتی بازنگری کرد و فرار مالیاتی را کاهش داد. پس از آن به سراغ فرار مالیاتی از فعالیت‌هایی که یا مالیاتی نمی‌دهند یا کم می‌دهند، می‌رویم. با ریز شدن به این مسائل می‌توان گفت این‌گونه اقدامات از فردا آغاز می‌شود و به‌عنوان مثال، ۳ ماه طول می‌کشد. درباره بودجه‌ریزی عملیاتی باید بر هزینه‌ها متمرکز شویم تا بدانیم کدام شرکت‌ها پول می‌گیرند و این پول برای چه اهدافی هزینه می‌شود. مسئله این است که این هزینه‌ها در راستای ارائه خدمات انجام می‌شود؛ بنابراین اگر به‌عنوان مثال، خدمات الکترونیکی ‌شده، دیگر بودجه بیشتری نیاز نیست یا باید کاهش یابد و متعاقبا دولت یکسری خدمات را که مثلا به خاطر رشد جمعیت ایجادشده افزایش دهد. دولت باید به سراغ شرکت‌هایی که ردیف بودجه دارند و مالیات و خدماتی به دولت نمی‌دهند، برود و پس از شناسایی، بودجه آنها را حذف کند. در بحث درآمدهای نفتی نیز باید نگاه کرد درآمدها را با چه نرخی از نرخ معقول نفت پیش‌بینی و آن را در کجا تزریق کنیم تا پس از آن به بودجه عمرانی یا جاری اختصاص دهیم.

یکی از موضوع‌هایی که در زمینه اصلاح ساختار بودجه از آن گفته می‌شود، ساماندهی یارانه‌های انرژی است.

 ساماندهی انرژی در کشوری که منابع عظیم انرژی دارد، سهم مردم است و بودجه باید سهم مردم را بپردازد. این کار ‌زمانی از طریق یارانه انجام و گاهی هم با خدماتی مانند بهداشتی و درمانی به مردم داده می‌شود. به‌طور مثال، ممکن است تصمیم گرفته شود حامل‌های انرژی، پایین‌تر از نرخ واقعی به‌دست مردم برسند.‌ یا از طریق دیگری ممکن است نرخ سوخت را بین‌المللی کنیم اما در کنار آن دولت به بهینه‌سازی مصرف سوخت خودروها کمک کند. نمی‌توان به‌دنبال کاهش سهم یارانه‌ها برای تامین کسری بودجه بود و پیامدهای آن را در نظر نگرفت.

یارانه باید هدفمند باشد و به سمت جمعیت هدف برود تا رفاه ایجاد کند. اگر یارانه سوخت برداشته شود، بنزین گران شده و نرخ خودرو افزایش می‌یابد. در این صورت، حمل‌ونقل شهری دچار مشکل می‌شود و باید وسایل حمل‌ونقل عمومی گسترش یابد. بنابراین نباید فقط یک‌جانبه به یارانه به چشم یک معضل نگاه کرد و ناکارآمدی را بر سر یارانه شکست. هم در دولت آقای احمدی‌نژاد بحث یارانه و فزاینده بودن آن موردتوجه بود و هم در این دولت، اما از آن زمان تا امروز چه اتفاقات موثری افتاده است؟

درباره فروش اموال مازاد دولتی، دولت‌ها نباید خود را درگیر تصدیگری و بنگاهداری کنند. این اقدام باید حاکمیتی انجام شود. این اموال می‌تواند به مدیریت درست و کارآمد سپرده شود و دولت نیز در آن سهمی داشته باشد. فروش اموال مازاد دولتی و مولد کردن آن بدون مدیریت دولت، زمان‌بر است. دولت باید دارایی‌های مازاد را بفروشد و دارایی مولد را با ارزش‌افزوده بالاتر مدیریت کند. دولت باید از نظر نیروی انسانی و تصدیگری کوچک شود اما از نظر نظارتی باید خود را بزرگ کند.

در نهایت باید تاکید کرد وظیفه جدی دولت، مهار تورم و نقش نظارتی آن است. در حال‌حاضر، دیگر دلیلی برای تورم وجود ندارد. با وجود این تورم حتی هزینه‌های دولت نیز رشد نمی‌کند، چراکه تورم کسری بودجه را هم افزایش می‌دهد.