قبل از تصویب قانون تجارت، در صورتی که نسبت به موضوعی قانون مدنی ساکت بود، قاضی پرونده طبق اصل ۱۶۷ و ماده ۳ قانون آیین‌دادرسی مدنی باید حکم دعوا را صادر کند و نمی‌تواند به بهانه سکوت قوانین و اجمال از رسیدگی اجتناب کند و اگر قانون ساکت بود باید براساس شریعت، فتاوای معتبر و منابع فقهی معتبر حکم قضیه را صادر کند. قبل از اینکه بند ۳ ماده یک قانون تجارت به‌تصویب برسد، در قراردادهای بین مصرف‌کنندگان که دچار اختلاف و دعوا شده‌اند، اگر موضوعی یافت می‌شد که قانون مدنی نسبت به آن ساکت بود، قاضی باید به شریعت یعنی فتاوی معتبر یا منابع شرعی معتبر رجوع می‌کرد، اما در حال‌ حاضر دیگر نمی‌تواند به این منابع رجوع کند. باید ابتدا به قواعد و مقررات عمومی قراردادهای تجارتی و در صورتی که این مقررات ساکت باشد، بعدا باید به فتاوی و منابع معتبر فقهی شرعی رجوع کند.

قاعده حل تعارض مرتبط با قراردادهای تجارتی را بیان کرده که در این زمینه تغییر اساسی در قانون مدنی ایجاد شده و یکی از مباحث بسیار چالشی در حقوق بین‌الملل خصوصی بوده است. زیرا کل دنیا به‌سراغ اصل آزادی اراده رفته بودند، به این صورت که چگونه ممکن است که اشخاص به‌راحتی شروط قرارداد تجارتی خود را تعیین کنند،اما در تعیین قانون حاکم طبق قسمت اخیر ماده ۹۶۸ قانون مدنی آزاد نباشند.

قسمت دوم ماده ۹۶۸ قانون مدنی آزادی اراده را محدود می‌کند، زیرا طبق این ماده اشخاص در تعیین قانون حاکم آزاد نیستند، فقط در یک حالت اجازه می‌دهد که قانون حاکم بر قرارداد را تعیین کنند و آن صورتی است که هر دوطرف قرارداد غیرایرانی و تبعه کشورهای دیگر باشند. در بسیاری از قراردادهای خارجی که در ایران با یکی از اتباع خارجه منعقد شده، بسیاری از اتباع درخواست کرده‌اند تا این قرارداد تابع قانون ایران نباشد. اشخاص ایرانی هم چاره‌ای ندارند و باید قرارداد را منعقد کنند.

طبق ماده ۹۶۸ قانون مدنی نه‌تنها اشخاص حقیقی بلکه اشخاص حقوقی حقوق عمومی یا حقوق خصوصی نیز نمی‌توانستند در قرارداد با اتباع خارجه، قانون حاکم را تعیین کنند. واقعیت این است که قانون‌گذار در مقام بیان صریحا نهی کرده و بیان نموده که اگر قراردادی در ایران منعقد می‌شود، تابع محل انعقاد (ایران) است و فقط در یک مورد مجوز تعیین قانون حاکم وجود دارد که متعاقدین از اتباع بیگانه باشند. این ماده برای ایرانیانی که در قلمرو این کشور قرارداد منعقد می‌کنند، اختیار تعیین قانونی غیر از قانون ایران به‌عنوان قانون حاکم بر قرارداد را به‌رسمیت نشناخته است. حتی اگر یک ایرانی و یک غیرایرانی در ایران قراردادی را منعقد کنند، براساس این ماده مجاز نیستند قانونی غیر از قانون ایران را حاکم بر قرارداد خود کنند.

به‌خاطر محدودیتی که ماده ۹۶۸ قانون مدنی مقرر کرده، در دکترین حقوقی نویسندگان بسیار تلاش کردند که با استدلال و توجیهات نظری، مختار بودن اشخاص اعم از ایرانیان و غیرایرانیان برای انتخاب قانون حاکم بر قرارداد منعقدشده در ایران را توجیه کنند. در حقوق قراردادهای مدرن آزادی اراده اشخاص برای انتخاب قانون حاکم بر قرارداد، جزو اصول موردتایید و ضروری قراردادها قلمداد شده است. در بازرگانی و تجارت بین‌الملل هم عرف و رویه تجارتی موید این رویکرد است. از این‌رو برای همسو کردن موضع حقوق ایران، حداقل در ارتباط با قراردادهای تجارتی با آنچه در اکثر ممالک دیگر پذیرفته شده است، در ماده ۲ قانون تجارت آزادی اراده اشخاص برای تعیین قانون حاکم بر قرارداد بدون توجه به تابعیت آنها موردشناسایی واقع شده است. باوجود این حکم، قسمت دوم ماده ۹۶۸ قانون مدنی به‌طورکامل نسخ نشده است. در ارتباط با قراردادهایی که از شمول فصل یکم کتاب یکم قانون تجارت خارج هستند، همچنان ماده ۹۶۸ قانون مدنی مجری است.

این ماده به‌صراحت پذیرفته است که در فرض عدم‌توافق و تراضی طرفین برای انتخاب قانون حاکم بر قرارداد قانون‌گذار قرارداد را تابع قانون محلی دانست که باتوجه به اوضاع و احوال مسلم قضیه بیشترین ارتباط را با آن قرارداد دارد. این قانون ممکن است، قانون محل انعقاد عقد باشد یا قانون محل اجرای هر یک از تعهدات اصلی ناشی از قرارداد باشد یا حتی قانون محل اجرای یکی از تعهدات ناشی از شروط ضمن عقد باشد. تشخیص این امر که قانون کدام محل بیشترین ارتباط را با قرارداد دارد، در صلاحیت دادگاه یا داور یا هیات داوری است.

یکی از تاثیرات مهم بند یک ماده ۲۴ لایحه تجارت تاثیر حکم مذکور بر ماده ۲۳۰ قانون مدنی درباره وجه التزام است

 طبق ماده ۲۳۰ قانون مدنی، اگر طرفین با تراضی به‌عنوان خسارت مبلغ معلومی را موردتوافق قرار داده باشند که در فرض تاخیر در اجرای تعهد، متعهد باید آن را به متعهدله پرداخت کند، دادگاه نمی‌تواند این مبلغ را کمتر یا بیشتر از آنچه در قرارداد موردتوافق قرار گرفته است، موضوع حکم قرار دهد و ملزم است از آنچه طرفین درباره تاخیر توافق کرده‌اند، تبعیت کند.

با استناد به بند یک ماده ۲۴ لایحه تجارت، اگر در قراردادی که بین صاحب حرفه و مصرف‌کننده منعقد شده است، وجه التزامی درج شود که به سود صاحب حرفه و به زیان مصرف‌کننده و وجود وجه التزام باعث عدم‌تعادل نامتعارف بین حقوق و تکالیف طرفین شود، مصرف‌کننده می‌تواند ابطال شرط را از دادگاه بخواهد و دادگاه حکم به ابطال شرط خواهد داد، مگر اینکه به استناد تبصره ۲ ماده ۲۴ لایحه تجارت، صاحب حرفه تعدیل وجه التزام را بپذیرد که تعدیل وجه التزام مقدم است. 

با لازم‌الاجرا شدن ماده ۲۵ احکام خیار شرط در قانون مدنی تحت‌تاثیر قرار خواهند گرفت. خیار شرط یکی از انواع خیارات است که به‌موجب آن به طرفین قرارداد یا یکی از آنها یا شخص ثالثی حق بر هم زدن قرارداد در مدت زمان معینی اعطا می‌شود. خیار شرط در ماده ۳۹۹ قانون مدنی مورد حکم واقع شده و این خیار فقط مختص عقد بیع نبوده و در تمامی قراردادها قابل درج است.

خیار تخلف شرط نیز با لازم‌الاجراشدن ماده ۲۵ لایحه تجارت تحت‌تاثیر قرار خواهد گرفت. مبنای خیار تخلف از شرط ماده ۲۳۴ قانون مدنی است و احکام و آثار خیار تخلف از شرط در مواد ۲۳۴ تا ۲۴۵ قانون مدنی بیان شده‌اند. طبق مواد بعدی قانون مدنی هرکدام از طرفین اگر از این شروط تخلف کنند و تعهدات خود را اجرا نکنند، خیار تخلف از شرط برای شخصی شرط به‌نفع او شده است، ایجاد می‌شود. اثر خیار تخلف از شرط حق فسخی است که ناشی از توافق و تراضی طرفین است. در عقد بیعی که بین صاحب حرفه در مقام فروشنده و مصرف‌کننده در مقام خریدار منعقد شده، درج خیار شرط به سود فروشنده ممنوع و باطل است. لیکن اگر در همین عقد، خیار شرط به‌نفع خریدار و فروشنده هر دو درج شود یا صرفا به سود مصرف‌کننده (خریدار) توافق واقع شود یا خیار شرط برای ثالث موردتوافق قرار گیرد، شرط صحیح و معتبر است.