فعالیت معدنی دارای اثرات تخریبی بر محیط خاک است و تخریب لایه زنده خاک در مناطق بیابانی صدمات جدی‌تری به محیط‌زیست وارد می‌کند. از آنجایی‌ که محیط خاک در مناطق بیابانی ایران شرایط شکننده‌تری نسبت به سایر مناطق دارد، در نتیجه وقتی خاک یک منطقه بیابانی تحت‌تاثیر فعالیت معدنی قرار می‌گیرد، باید زمان بسیار بیشتری برای جبران صدمات و آسیب‌ها صرف کرد.به‌عنوان‌مثال، اگر معادن فلزی را در نظر بگیریم، فعالیت آنها به‌ویژه در مراحل کانه‌آرایی و دفع باطله‌های حاصل از این عملیات، به‌شدت روی محیط خاک اثر می‌گذارد. به فرض، سدهای باطله یا محل‌های انباشت باطله می‌توانند تحت‌تاثیر فعالیت‌های جوی و باد به‌علت ریزدانه بودن از محل سد باطله جابه‌جا شوند و محیط خاک اطراف معدن را تحت‌تاثیر قرار بدهند.اگر قرار باشد معدنی موارد زیست‌محیطی را رعایت کند تا اثرات تخریبی و آلودگی به‌حداقل برسد، باید باتوجه به ویژگی‌های توپوگرافی و جغرافیایی برای همان بررسی‌های زیست‌محیطی دقیق و مستقل انجام شود، زیرا نمی‌توان حتی ۲ معدن فلزی مشابه هم در یک منطقه یافت که اثرات زیست‌محیطی یکسانی داشته باشند. بنابراین، باید با مطالعه دقیق و اتخاذ راهکارهای مناسب اثرات آلودگی ناشی از فعالیت معدنی را تا جای ممکن به‌حداقل رساند. علاوه بر این، با اجرای برنامه‌های بازسازی و احیا و مدیریت محل انباشت باطله، چه باطله سنگی باشد یا باطله‌های ناشی از کانه‌آرایی و فرآوری، می‌توان نشت آلودگی‌ها را به محیط‌های پذیرنده تا جای ممکن کاهش داد و از آسیب‌های جدی‌تر کاست.برای جلوگیری از آلودگی آب‌های زیرزمینی یا آب‌های سطحی معمولا باید در نقشه سایت معدنی محل کارخانه فرآوری، کانه‌آرایی و محل انباشت باطله‌ها یا دامپ باطله با رعایت ملاحظات محیط‌زیستی به‌درستی جانمایی شود. اگر این مرحله به‌درستی انجام شود، می‌توان امیدوار بود که هم فرسایش و تخریب خاک به‌حداقل برسد و هم زهاب‌ها و رواناب‌ها از آلودگی مصون بمانند. به‌ویژه درباره سدهای باطله می‌توان با حفر گمانه‌های پایش و انجام مراقب‌های لازم اطمینان یافت که به سفره آب‌های زیرزمینی محدوده معدن، نشت نداشته باشد و از طریق این مراقبت‌ها تا جای ممکن از آلودگی و تخریب محیط‌زیست جلوگیری کرد.

اگر بخواهیم روشن و شفاف درباره کوتاهی دولت‌ها در این زمینه صحبت کنیم، باید به این نکته اشاره‌ کرد که اغلب معادن بزرگ دولتی ما، به‌عنوان‌مثال، معادن مس که زیرمجموعه شرکت ملی مس قرار دارد یا معادن بزرگ آهن و...متاسفانه تمهیدات و برنامه‌های مناسب برای جلوگیری و کنترل آلودگی و تخریب محیط‌زیستی ندارند و در مقایسه با معادنی که به‌صورت مستقل و غیردولتی و در بخش خصوصی مدیریت می‌شوند، به‌شکل چشمگیری عقب‌تر هستند. پس نخستین و مهم‌ترین مشکل زیست‌محیطی همین بی‌توجهی دولت به ضوابط زیست‌محیطی است.به‌نظر من، معدنکاران در مناطق بیابانی، ۲ مسئولیت اصلی دارند که باید آن را مدنظر قرار دهند. اول، رعایت ملاحظات محیط‌زیستی در طول زمان بهره‌برداری از معدن است که شامل معدنکاری، کانه‌آرایی است و ایجاد دامپ‌های باطله است و در نهایت هم، وقتی معدن در حال تعطیلی است، باید دامپ‌های باطله به‌درستی و با رعایت استانداردهای فنی امحا شود، چون بعد از متروکه شدن معدن، وقتی دامپ باطله و محل انباشت باطله‌ها باز می‌ماند، به کانون آلودگی برای محیط‌های پذیرنده اطراف خود می‌شود. بنابراین، مهم‌ترین مسئولیت بهره‌برداران از معادن فلزی، به‌ویژه در مناطق خشک کشور، این است که موضوع تعطیلی معادن را جدی بگیرند و بازسازی و احیای قسمت‌های تخریب‌شده را همزمان با فعالیت معدن پیگیری کنند تا در زمان تعطیلی معدن با کمترین هزینه بتوانند نسبت به حفظ محیط‌زیست، وظیفه اجتماعی و قانونی خود را انجام دهند.

معدنکاری هوشمند در کشور ما با مشکلات و مسائل فنی دست‌به‌گریبان و نیازمند آن است که زیرساخت‌ها در کشور توسعه بیشتری پیدا کنند، زیرا معادن معمولا در مجاورت شهرها و مناطق نزدیک به زیرساخت‌های اصلی قرار ندارند تا بتوانند از امکانات لازم برای استفاده از تجهیزات هوشمند بهره ببرند. به‌فرض، در مناطق دوردست و متروکه که حتی دسترسی به آنتن موبایل هم امکان‌پذیر نیست، نمی‌توان معادن را از طریق سیستم‌های هوشمند مدیریت کرد، اما معادن به‌ویژه آنهایی که بیش از ۵۰ نفر پرسنل دارند، باید با نصب سنسورهای هوشمند آلودگی هوا، آب‌های سطحی و زیرزمینی را مرتب رصد کنند و اگر زیرساخت‌های لازم در محدوده معدن برقرار نباشند، باید اطلاعات را به‌صورت فصلی یا ماهانه به مراکز نزدیک خود ارسال کنند که تا جای ممکن فعالیت‌های آنها تحت مراقبت‌های محیط‌زیستی قرار گیرد. پیشنهادی که می‌توان برای مدیریت معادن در مناطق خشک و بیابانی کشور ارائه داد، این است که پیش از هر اقدامی، حاکمیت معدن باید قوانین و مقررات را موردبازنگری قرار دهد. متاسفانه حفاظت از محیط‌زیست در خود قانون معادن یا در اصلاحیه آن نقشی نداشته و ندارد و تنها ماده ۱۱۶ در آیین‌نامه اجرایی آورده شده که در آن گفته‌شده رعایت مسائل محیط‌زیستی مستلزم وضع آیین‌نامه‌ای است که باید با همکاری دستگاه‌های ذی‌ربط مثل وزارت صمت و سازمان محیط‌زیست باید تدوین شود، اما متاسفانه یکی از مشکلات عمده اغلب معادن کشور، تعارضات اجتماعی است که همه معدنکاران کشور آن را به‌نحوی از انحا تجربه می‌کنند. این در حالی است که در بقیه نقاط دنیا تعارضات اجتماعی در خود قانون از ابتدا پیش‌بینی ‌شده است و معدنکاران کمترین مشکل را از این نظر با اهالی ساکن در منطقه و جوامع بومی تجربه می‌کنند.