مشکل اصلی امروز کشور ما سوء‌مدیریت منابع آب به‌انحای گوناگون است؛ چه آن چیزی که از خارج به ما تحمیل می‌شود، از جمله خشک شدن، آلودگی یا کم‌آب شدن رودخانه‌ها، به‌عنوان‌مثال کم‌آبی هیرمند که موجب خشکی دریاچه هامون شده است، چه سوءمدیریت‌ها و برداشت‌های بی‌رویه‌ای که در بسیاری مناطق ایران مرکزی شاهد آن هستیم یا استفاده بی‌رویه از منابع آب زیرزمینی و نشست زمین و... که آسیب آنها به‌مراتب بیشتر از فعالیت‌های معدنی است.
اما به‌هرحال، فعالیت‌های معدنی هم تاثیراتی منفی بر محیط‌زیست دارد و به‌طورقطع باید از فعالیت‌های کنترل‌نشده که آلودگی ایجاد می‌کند، جلوگیری کرد. برای مثال، در بسیاری از معادن به‌ویژه معادن فلزی و سولفوری خروجی کارخانه‌های فلوتاسیون و فرآوری مواد معدنی پشت سدهای باطله ذخیره می‌شود، اما متاسفانه در برخی موارد شاهد آن هستیم که فاضلاب‌های معدنی و مواد آلوده‌کننده به طبیعت نشت می‌کنند و موجب آلودگی آب‌های سطحی و زیرزمینی می‌شوند. به‌عبارت‌دیگر، وقتی یک ماده معدنی سولفوری باطله‌برداری می‌شود، آن ماده به‌اصطلاح اکسپوز می‌شود (یا در معرض تماس با هوا قرار می‌گیرد) و به‌این‌ترتیب، وقتی با نزولات جوی تماس پیدا کند، پدیده‌ای بسیار آسیب‌زا به نام تولید زهاب ‌اسیدی معدنی (Acid Mine Drainage) را به‌وجود می‌آورد. این اسید وارد آب‌های سطحی و زیرزمینی می‌شود، چشمه‌ها، چاه‌ها و رودخانه‌ها را تحت‌تاثیر قرار می‌دهد و اسیدیته آب را بالا می‌برد. در نتیجه، پوشش گیاهی منطقه آسیب می‌بیند و آبزیان از بین می‌روند یا برای مثال، در معادن طلا برای استحصال ماده معدنی از اسید سیانیدریک یا سیانور استفاده می‌شود و این آلاینده شیمیایی به آب‌های زیرزمینی یا جاری نشت می‌کند و....
پس بخشی از آلودگی‌ها ناشی از فرآیند تغلیظ و فرآوری ماده معدنی است و بخش دیگر بر اثر قرار گرفتن مواد معدنی و باطله‌ها در معرض آب ایجاد می‌شود که اغلب اسیدیته منابع آبی را بالا می‌برند. از همین طریق، فلزات سنگین هم می‌توانند به آب‌های زیرزمینی نفوذ کنند و زمینه‌ساز بروز انواع بیماری‌ها از جمله امراض داخلی، پوستی و سرطان شوند.البته معادن بزرگ و فلزی ما که آلایندگی زیادی دارند، در مناطق کویری و کم‌جمعیت قرار گرفته‌اند، تاثیرات منفی آن جوامع انسانی را مستقیم تحت‌تاثیر قرار نمی‌دهد، اما به‌طورقطع تاثیرات منفی و آثار سوء زیست‌محیطی دارد و می‌تواند موجب افزایش پدیده بیابان‌زایی شود. اما باید این موضوع را در نظر گرفت که تاثیر فعالیت‌های معدنی در مراتب پنجم یا ششم فهرست فعالیت‌های مرتبط با بیابان‌زایی است.
در واقع مناطق خشک و کویری دوسوم خاک ایران را تشکیل می‌دهد و محدوده‌ای به وسعت یک‌میلیون کیلومترمربع را در بر گرفته است، اما فعالیت‌های معدنی وسعت زیادی از این مساحت را در بر نمی‌گیرد. پارامترهای منفی زیادی هستند که امروزه موجب گسترش بیابان در کشور ما می‌شوند که شاید مهم‌ترین آنها تخصیص نیافتن حقابه محیط‌زیستی به تالاب‌ها، دریاچه‌ها و شوره‌زارها در مناطق کویری است. نمونه بارز آن، دریاچه هیرمند است که سال‌هاست که خشک و موجب توفان‌های شن و گسترش مناطق بیابانی در منطقه سیستان و بلوچستان شده است یا باتلاق گاوخونی، جازموریان، دریاچه نمک قم، حوض‌سلطان و بسیاری از شوره‌زارهای دیگر که در کویر مرکزی ایران قرار دارند. حقابه‌های محیط‌زیستی که به‌انحای مختلف به این دریاچه‌ها اختصاص پیدا نمی‌کند، موجب می‌شود که رطوبت در این مناطق کم و قابلیت انتقال شن و گسترش شن‍زارها چندبرابر شود. حتی چرای بی‌رویه دام در این مناطق هم بسیار آسیب‌زا است و موجب از بین رفتن پوشش گیاهی و افزایش پدیده بیابان‌زایی می‌شود. به‌عنوان‌مثال، شترهایی که در مناطق کویری چرا می‌کنند، ماه‌ها رها می‌شوند و گاه صدها کیلومتر طی می‌کنند و بسیاری از پوشش گیاهی مناطق کویری را از بین می‌برند. حتی آن بخش‌هایی را که به‌صورت مصنوعی و به‌منظور مقابله با بیابان‌زایی طی سال‌ها ایجادشده است، از میان می‌برند.
بنابراین منظور این نیست که معدنکاری تاثیر سوء و منفی ندارد، اما همان‌طور که اشاره شد، در اولویت چندم قرار دارد.به‌طورکلی باید دولت موضوع را مدیریت کند و معادن را وادارد که بخشی از درآمد خود را صرف ملاحظات محیط‌زیستی کند و پیامدهای سوء محیط‌زیستی پیرامون خود را تحت‌کنترل داشته باشد. به‌عبارت‌دیگر، نباید سود فعالیت‌های معدنی به جیب افراد خاصی برود و مشکلات محیط‌زیستی آن برای کشور و مردم ساکن در اطراف مناطق معدنی باقی بماند.
پس باید هر نوع فعالیت معدنی که انجام می‌شود با رعایت ملاحظات زیست‌محیطی باشد، چون معدن سرمایه‌ای است که در نهایت، بعد از چند ده سال به پایان می‌رسد، اما محیط‌زیست سرمایه حیات است که بشر از هزاران سال پیش در آن تکامل پیدا کرده و با